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ProteoSeine assure la mise en œuvre de spectromètres de masse haute résolution de type électrospray couplés à des systèmes chromatographiques à haute performance.
Les analyses bottom-up sont réalisées sur un appareil de dernière génération de type timsTOF Pro2 (Bruker) couplé à un automate de séparation haut débit (Evosep One). La technologie de mobilité ionique TIMS (Trapped Ion Mobility Spectrometry) est avant tout une technique de séparation en phase gazeuse qui résout la complexité de l’échantillon grâce à une dimension supplémentaire de séparation en plus de la chromatographie liquide à haute performance et de la spectrométrie de masse. Le dispositif TIMS accumule et concentre également les ions d’un m/z et d’une mobilité donnée. En synchronisant les cycles d’accumulation et de séquençage des ions en parallèle (technologie PASEF, Parallel Accumulation–Serial Fragmentation), l’appareil peut offrir une vitesse et une sensibilité MS/MS extrêmement élevées pour une couverture approfondie du protéome et la quantification différentielle non-biaisée de protéines.
La plateforme est équipée de logiciels propriétaires permettant le retraitement des données brutes sur deux serveurs de calcul multicœurs et l’analyse statistique multivariée des résultats d’abondance. La plateforme est particulièrement en capacité de prendre en charge de larges quantités d’échantillons dans des workflows automatisés.
Les analyses en MS-native et sur protéine intacte sont réalisées sur un instrument de type Cyclic IMS (Waters) embarquant une technologie révolutionnaire de mobilité ionique cyclique. L’instrument est également doté de capacités de fragmentation EXD et SID en surcroît du mode de fragmentation CID disponible dans les cellules TRAP et TRANSFER. Cet instrument est couplé à une chaîne chromatographique capillaire haute pression de type M-Class pour le développement de séparations haute résolution de protéines. Un robot nanomate ADVION est également disponible pour des analyses nanospray en infusion directe automatisée.
ProteoSeine dispose également d’une plateforme Hamilton pour la préparation automatisée d’échantillons et d’un système chromatographique haute pression pour la prise en charge de séparations de protéines suivant différentes modalités.
