La plateforme DECODERS : décoder l’identité cellulaire à l’échelle moléculaire.
Portée par le programme Transverse du Laboratoire d’Excellence (LabEx) Who Am I?, la plateforme DECODERS, implémentée en novembre 2021, a pour objectif de développer et proposer des approches innovantes de protéomique et transcriptomique au sein d’un consortium de laboratoires rassemblés autour d’une question scientifique commune : comment les réseaux d’interactions moléculaires mis en place sur des régions distinctes du génome participent à l’identité et à la plasticité cellulaire ?
Dans ce cadre, le projet DECODERS s’emploie à combiner des techniques de biotinylation de proximité in situ et de ciblages loci-spécifiques afin d’identifier par spectrométrie de masse ou séquençage haut débit les composants moléculaires (protéines ou ARNs) de régions génomiques individuelles.
Il inclue une veille scientifique et un développement méthodologique systématiques pour recommander et mettre à disposition les dernières technologies de biotinylation de proximité.
Mots-clés : In situ Proximity-dependent Biotinylation (BioID), APEX2/TurboID, Protéomique, Transcriptomique, CRISPR/dCas9, HYPRO, AMAPEX
decoders (at) ijm.fr Bâtiment Buffon, 3ème étage, pièce 354B
Développement et production d’outils de ciblage moléculaire et de biotinylation de proximité
Nous utilisons des enzymes de type biotine ligase ou peroxydase (TurboID ou APEX2, respectivement) ciblées sur des loci individuels afin de permettre un marquage spécifique des interactants proximaux par biotinylation in situ. Les outils de ciblage implémentés sont notamment basés sur l’activité CRISPR/dCas9 (stratégie CASPEX), l’utilisation d’anticorps (stratégie AMAPEX) ou l’hybridation de sondes d’ADN sur des transcrits d’intérêts (stratégie HYPRO).
Design et mise en œuvre des protocoles expérimentaux
La plateforme DECODERS s’emploie à appuyer et faciliter le design stratégique de ciblages moléculaires de manière adaptée aux différentes hypothèses et modèles de recherches. Elle met en œuvre les approches biochimiques et moléculaires associées en collaboration étroite avec les différentes équipes, tout en formant les utilisateurs au workflow expérimental.
Analyse des données haut débit
L’identification par spectrométrie de masse et l’analyse quantitative différentielle à haut débit des interactants est assurée en collaboration avec la plateforme de protéomique de l’Institut Jacques Monod (ProtéoSeine, Université Paris Cité).
Services proposés
– Accompagnement des équipes de recherches pour la conception de projets de biotinylation de proximité sur des régions génomiques.
– Mise en œuvre des protocoles expérimentaux de biologie moléculaire et biochimie.
– Analyses quantitatives différentielles des données de spectrométrie de masse (en collaboration avec ProtéoSeine).
Responsable scientifique :
Benoit Palancade – Directeur de Recherche, CNRS
Ressources
La plateforme dispose des outils moléculaires et biochimiques requis pour mettre en œuvre les différentes stratégies expérimentales.
– Base de données de protocoles de biotinylation in situ.
– Banque de vecteurs (APEX2, TurboID, Split TurboID, dCas9…) et outils de clonages.
– Protéines recombinantes (APEX2-protéineA ; APEX2-protéineA/G ; APEX2-HYPRO).
– Réactifs de biotinylation et d’enrichissement de molécules biotinylées.
– Réactifs de couplage à la digoxygénine (stratégie HYPRO)
– Anticorps pour validation en immunofluoresence.
Nous travaillons avec les équipes rassemblées autour du programme Transverse du laboratoire d’Excellence WhoAmI ? porté par Université Paris Cité :
UMR7592, Institut Jacques Monod
Jean Charles Cadoret
Sandra Duharcourt
Maxim Greenberg
Benoit Palancade
Marie Noëlle Prioleau
Vanessa Ribes
Plateforme ProtéoSeine
UMR7216, Epigénétique et Destin Cellulaire
Pierre Antoine Defossez
Claire Francastel
Valérie Mezger
Claire Rougeulle
Sophie Polo
Jonathan Weitzman
Plateau technique GENIE (Genomic engineering in epigenetics)
Institut Cochin
Julie Chaumeil
Stéphane Emiliani
Bernard Lopez
Pascal Maire
Daniel Vaiman
