Paléoépigénomique de l’évolution des séquences régulatrices

Nous développons l’étude des modifications de l’épigénome (méthylation de l’ADN) dans des échantillons anciens afin de mesurer sur des témoins de l’évolution l’impact fonctionnel des changements de séquences susceptibles d’induire des modifications d’expression génétique.
La méthylation de l’ADN dans des échantillons anciens peut être analysée via la combinaison d’approches classiques : séquençage après traitement au bisulfite, ou en utilisant la désamination des cytosines qui se produit dans l’ADN d’échantillons anciens. Les cytosines méthylées désaminées sont distinguées des cytosines non méthylées désaminées par traitement à l’uracile-N-Glycosylase. Nous étudierons ainsi l’évolution des patrons de méthylations de gènes d’intérêt entre les mammouths et les éléphants mais aussi dans d’autres situations évolutives d’intérêt, comme chez les bovins ou l’homme.

La méthylation de l’ADN sera analysée comme proxy de l’expression génétique. L’objectif est de corréler modifications de séquences régulatrices avec changements d’expression génétiques afin d’étudier l’évolution de la régulation de l’expression des gènes, un moteur de l’évolution phénotypique.