Génomique-Transcriptomique

 

Le plateau technique Génomique et transcriptomique rassemble des équipements dédiés à l’analyse des acides nucléiques et au séquençage de nouvelle génération. Ces équipements sont accessibbles en libre service après formation d’un membre des équipes utilisatrices qui aasurera ensuite la pérénnité du savoir-faire au sein de son équipe accueillie. Les équipements disponibles permettent la quantification et l’analyse des acides nucléiques, soit de manière globale (microspectrophotomètres, électrophorèse sur puces), soit de manière séquence spécifique, soit par PCR quantitative, soit par séquençage de nouvelle génération.

PCR quantitative en temps réel

Cette technique permet la quantification précise de séquences nucléiques spécifiques par amplification par PCR en détectant les produits à chaque cycle de PCR avec des fluoropĥores. Une analyse complète de génotypage ou de quantification de 16, 96 ou 384 échantillons à la fois peut être réalisée en une heure.

Les équipements disponibles consistent en deux Roche Light Cycler 480, un équippé avec un bloc 96 puits, un avec un bloc 384 puits. Un robot pipetteur Eppendorf Epmotion 5070 permet le remplissage automatique des plaques. En complément, un Light Cycler 1.5 en capillaires et un Stratagene Mx pour plaque 96 puits sont aussi diponibles. Un robot de préparation déchantillons Tecan Freedom Evo 100  est disponible en complément.

Autres instruments de quantification d’acides nucléiques et de protéines

Pour mesurer la densité optique sur des microvolumes de 1 µL, deux microspectrophotométres sont disponibles, un Nanodrop et un Denovix. Pour quantifier et déteminer le poids moléculaire sur des volumes de 1µL, un appareil d’électrophorèse sur puces, Agilent bioanalyzer est disponible. Finalement deux lecteurs en plaques 96 puits sont aussi accessibles, un luminomètre Berthold Centro, et unl spectrophotomètre-fluorimètre Tecan Infinite 200

Séquençage d’ADN à haut débit

Une petite machine de séquençage à haut débit Illumina Miseq est accessible aux utilisateurs expérimentés. Elle permet le séquençage d’environ 30 millions de séquences en effectuant des lectures ede 2 fois 75 bp en moins 24h ou de 2*250 bp en environ 2 jours

Responsable : Thierry Grange

thierry.grange (at) ijm.fr