Equipements et services

Méthodes disponibles :

 

Equipements :

• 1 microscope électronique en trasnmission Tecnai 12 équipé d’une caméra CCD (OneView 4Kx4K Gatan) piloté par le logiciel GMS (en « libre service » après formation)

• 1 microscope électronique à balayage TeneoVS, équipé de détecteurs ETD, SE et BSE et du module VolumeScope (pour le mode Serial-Block-Face) piloté par les logiciels FEI et Maps2 (en « libre service » après formation).

• Porte objet Tomographie Fischione 2020, avec inclinaison jusqu’à +/-80°

• 1 appareil de cryofixation  à  haute pression Leica EM PACT2.

• 2 appareils AFS Leica : automates de cryosubstitution.
• 2  ultramicrotomes (1 UC6 Leica, 1 UCT Leica) : réalisation de coupes semi-fines et ultrafines d’échantillons biologiques inclus dans différentes résines (en « libre service » après formation).
• 1 ultracryomicrotome Leica UC7-FC7: réalisation de coupes semi-fines et ultrafines d’échantillons biologiques congelés.
• 1 évaporateur de carbone Cressington 308R : évaporation sous vide de carbone sur des grilles  (en « libre service » après formation).

La Plateforme apporte aide et assistance aux utilisateurs pour le traitement, l’analyse, la quantification et l’interprétation des images.

 

Logiciels disponibles :

 

Imaris (Bitplane) : logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d’images ; il est interfacé avec :

Fiji :

• Site web d’ImageJ : http://imagej.nih.gov/ij
• Site web de Fiji : http://fiji.sc/Fiji
• Wiki sur ImageJ et Fiji : http://imagejdocu.tudor.lu

et

Matlab : Site web de Mathworks : www.mathworks.fr

 

Amira (FEI): logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d’images.

Site web de FEI : www.fei.com/software/amira-3d-for-life-sciences.

 

Matlab (MathWorks) : logiciel de programmation de calculs numériques permettant le développement de traitements poussés (traitements d’images, traitements du signal, statistiques,…) sur des images. Il est interfaçable avec le logiciel Imaris.

Site web de Mathworks : www.mathworks.fr

 

Huygens Pro (SVI – Scientific Volume Imaging) : logiciel de déconvolution d’images ; il permet de déflouter et débruiter des images à partir de la connaissance même des caractéristiques physiques et optiques des microscopes et de l’échantillon.

Site web de SVI : www.svi.nl

 

ImageJ et Fiji: logiciels libres de traitement et d’analyse d’images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.

• Site web d’ImageJ : http://imagej.nih.gov/ij
• Site web de Fiji : http://fiji.sc/Fiji
• Wiki sur ImageJ et Fiji : http://imagejdocu.tudor.lu

 

Icy : logiciel libre de traitement et d’analyse d’images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.

Site web : icy.bioimageanalysis.org

 

CellProfiler: logiciel libre pour la quantification de grandes séries d’images.

Site web de CellProfiler : www.cellprofiler.org

 

Zen (Zeiss) : logiciel de manipulation d’images permettant l’ouverture des images avec la même interface qu’avec les logiciels d’acquisition des microscopes Zeiss ; il permet également d’analyser les images.

Site web de Zen desk (Zeiss) : www.zeiss.com/zen

Site web de Zen lite (Zeiss) : www.zeiss.com/zen-lite‎

 

Metamorph Offline (Molecular Devices) : logiciel de manipulation d’images permettant l’ouverture des images avec la même interface qu’avec les logiciels d’acquisition Metamorph ; il permet également d’analyser les images.

Site web de Metamorph : www.moleculardevices.com/products/software/meta-imaging-series/metamorph.html

Stations de travail

 

Les logiciels sont installés sur 2 stations de travail puissantes.

• Station 1 Imaris
  Processeur :
• Station 3 Imaris
  Double processeur : 3,47 GHz, 12 cœurs physiques ; mémoire : 144 Go ; carte graphique : 6 Go.

Une tablette graphique est également disponible, facilitant les opérations de segmentation manuelle des images.