Equipements et services
Cytométrie en flux
La cytométrie en flux conventionnelle ou en images est une technique qui permet l’analyse multiparamétrique qualitative et quantitative (taille, granulosité, intensité de fluorescence) d’éléments en suspension dans un liquide, alors qu’ils défilent un à un, à grande vitesse, devant un ou des lasers. Ces éléments peuvent être des cellules, des bactéries, des levures, mais aussi des constituants subcellulaires : noyaux, mitochondries, chloroplastes, chromosomes, etc.
Microscopie électronique
Microscopie photonique
Plein champ
Principe, équipements disponibles
Spinning disk
Principe, équipements disponibles
Confocal à balayage laser
Principe, équipements disponibles
Super résolution SIM, PALM, STORM
Principe, équipements disponibles
Multi-photon, SHG, THG
Principe, équipements disponibles en 2022
FLIM, FCS, PIE
Principe, équipements disponibles en 2022
Traitement et analyse d’images
La Plateforme apporte aide et assistance aux utilisateurs pour le traitement, l’analyse, la quantification et l’interprétation des images.
Logiciels disponibles :
Imaris (Bitplane) : logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d’images ; il est interfacé avec :
Fiji :
- Site web d’ImageJ : http://imagej.nih.gov/ij
- Site web de Fiji : http://fiji.sc/Fiji
- Wiki sur ImageJ et Fiji : http://imagejdocu.tudor.lu
et
Matlab : Site web de Mathworks : www.mathworks.fr
Amira (FEI): logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d’images.
Site web de FEI : www.fei.com/software/amira-3d-for-life-sciences.
Matlab (MathWorks) : logiciel de programmation de calculs numériques permettant le développement de traitements poussés (traitements d’images, traitements du signal, statistiques,…) sur des images. Il est interfaçable avec le logiciel Imaris.
Site web de Mathworks : www.mathworks.fr
Huygens Pro (SVI – Scientific Volume Imaging) : logiciel de déconvolution d’images ; il permet de déflouter et débruiter des images à partir de la connaissance même des caractéristiques physiques et optiques des microscopes et de l’échantillon.
Site web de SVI : www.svi.nl
ImageJ et Fiji: logiciels libres de traitement et d’analyse d’images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.
- Site web d’ImageJ : http://imagej.nih.gov/ij
- Site web de Fiji : http://fiji.sc/Fiji
- Wiki sur ImageJ et Fiji : http://imagejdocu.tudor.lu
Icy : logiciel libre de traitement et d’analyse d’images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.
Site web : icy.bioimageanalysis.org
CellProfiler: logiciel libre pour la quantification de grandes séries d’images.
Site web de CellProfiler : www.cellprofiler.org
Zen (Zeiss) : logiciel de manipulation d’images permettant l’ouverture des images avec la même interface qu’avec les logiciels d’acquisition des microscopes Zeiss ; il permet également d’analyser les images.
Site web de Zen desk (Zeiss) : www.zeiss.com/zen
Site web de Zen lite (Zeiss) : www.zeiss.com/zen-lite
Metamorph Offline (Molecular Devices) : logiciel de manipulation d’images permettant l’ouverture des images avec la même interface qu’avec les logiciels d’acquisition Metamorph ; il permet également d’analyser les images.
Site web de Metamorph : www.moleculardevices.com/products/software/meta-imaging-series/metamorph.html
Stations de travail
Les logiciels sont installés sur 2 stations de travail puissantes.
- Station 1 Imaris
Processeur : - Station 3 Imaris
Double processeur : 3,47 GHz, 12 cœurs physiques ; mémoire : 144 Go ; carte graphique : 6 Go.
Une tablette graphique est également disponible, facilitant les opérations de segmentation manuelle des images.
