Épigénome et paléogénome

THIERRY GRANGE & EVA-MARIA GEIGL

Pour donner du sens aux phénomènes biologiques, il est indispensable de prendre en compte leur évolution. La génomique comparative permet ainsi de progresser dans la compréhension des liens entre génotype et phénotype en intégrant la dimension de l’évolution des génomes. Les adaptations phénotypiques récentes sont plus favorables pour permettre l’identification des évolutions génomiques sous-jacentes en minimisant la complexité induite par la dérive génétique neutre. Notre équipe mène différents projets de recherche concernant l’étude de l’évolution relativement récente des génomes en ajoutant des témoins directs de l’évolution, les fossiles, aux modélisations à rebours réalisées à partir de génomes modernes. Pour cela, nous utilisons et développons les approches de la paléogénétique et de la paléogénomique, d’une part afin de documenter des évolutions récentes, d’autre part afin de repousser les limites méthodologiques pour étudier des échantillons plus anciens ou provenant de régions géographiques peu favorables à la préservation de l’ADN. Nous étudions ainsi d’une part l’évolution dirigée par l’être humain, surtout la domestication, comme modèle d’évolution récente et accélérée ; d’autre part, nous étudions l’évolution des populations humaines au cours du peuplement de l’Europe depuis l’ère glaciaire.

Mots-clés : évolution, génomes, ADN ancien, paléogénomique, peuplement, domestication

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Pour donner du sens aux phénomènes biologiques, il est indispensable de prendre en compte leur évolution. La génomique comparative permet ainsi de progresser dans la compréhension des liens entre génotype et phénotype en intégrant la dimension de l’évolution des génomes. Les adaptations phénotypiques récentes sont plus favorables pour permettre l’identification des évolutions génomiques sous-jacentes en minimisant la complexité induite par la dérive génétique neutre. Notre équipe mène différents projets de recherche concernant l’étude de l’évolution relativement récente des génomes en ajoutant des témoins directs de l’évolution, les fossiles, aux modélisations à rebours réalisées à partir de génomes modernes. Pour cela, nous utilisons et développons les approches de la paléogénétique et de la paléogénomique, d’une part afin de documenter des évolutions récentes, d’autre part afin de repousser les limites méthodologiques pour étudier des échantillons plus anciens ou provenant de régions géographiques peu favorables à la préservation de l’ADN. Nous étudions ainsi d’une part l’évolution dirigée par l’être humain, surtout la domestication, comme modèle d’évolution récente et accélérée ; d’autre part, nous étudions l’évolution des populations humaines au cours du peuplement de l’Europe depuis l’ère glaciaire.

Nous avons développé une recherche interdisciplinaire pour poursuivre cinq thèmes de recherche principaux :

1. ETUDE DE LA DYNAMIQUE DES POPULATIONS DES BOVINS AU PLÉISTOCÈNE SOUS INFLUENCE DU CLIMAT ET DE LA DOMESTICATION PAR L’ÊTRE HUMAIN

 

 

Un des axes majeurs de la recherche de notre équipe est l’analyse de l’évolution des Bovina, c’est-à-dire, des genres Bos et Bison. L’analyse comparative de la diversité génétique et de la dynamique des populations de ces genres au Pléistocène devrait nous permettre de distinguer les processus naturels dus aux changements climatiques et environnementaux et les processus anthropiques lors de la domestication qu’a subis le genre Bos.

Nous avons étudié la diversité génétique des bisons au cours du Pléistocène et à l’Holocène en Europe et en Asie. A cette fin, nous avons analysé 66 ossements âgés jusqu’à ~50.000 ans provenant d’Europe (France, Suisse, Pologne) et d’Asie (Caucase, Yakutie) ainsi que 25 spécimens du début du 20ème s. n.e. (Massilani et al., 2016, BMC Biology). Ces derniers correspondent à la dernière population sauvage des bisons européens datant de leur extermination et précédant la reconstitution du cheptel à partir d’animaux en captivité. Nous avons d’abord analysé la région hypervariable de l’ADN mitochondrial en ciblant quatre petits fragments, une approche qui a été couronnée de succès pour 43 spécimens, et a fourni de l’information génétique partielle pour 13 spécimens supplémentaires. La construction d’un arbre phylogénétique de maximum de vraisemblance a permis la distinction de trois clades. Le clade le plus divers correspond au bison des steppes, B. priscus, éteint à la fin du Pléistocène alors qu’il a été présent depuis la France jusqu’en Béringie. Il a traversé le détroit de Béring et a évolué en B. bison, le bison américain actuel. Les deux autres clades sont distincts du premier et plus proche l’un de l’autre. Alors qu’un des deux ne contient que des spécimens du Pléistocène du Nord du Caucase et de la France datant de 48 à 34.000 ans, le deuxième contient des spécimens de France et du Sud du Caucase datant de 55 à 34.000 ans et de 14.000 ans au Moyen-Âge, ainsi que les spécimens historiques de la Pologne et du Caucase datant de la première guerre mondiale. Ceci a identifié ces spécimens comme étant des bisons européens, B. bonasus.

Les 16 spécimens les mieux préservés datant de ~50.000 à 12.000 ans, et représentant les différents clades ont été analysés par une approche paléogénomique basée sur l’enrichissement de l’ADN mitochondrial dans le mélange des séquences d’ADN d’origine multiple (bison mais surtout microorganismes du sol, moisissures, plantes, insectes etc.) qui est extrait à partir des ossements archéologiques et paléontologiques. Pour enrichir l’ADN mitochondrial et le séquencer plus efficacement et à moindre coûts, nous avons conçu une méthode qui nous a permis de capturer les séquences d’ADN mitochondrial à partir de ce mélange complexe qu’est un extrait fossile (Massilani et al., 2016, BMC Biology). Ceci nous a permis d’obtenir l’information pour reconstruire des mitogénomes entiers. Avec ces mitogénomes, nous avons effectué des analyses phylogénétiques Bayesiennes permettant d’estimer les dates des événements de diversification.

 

Schéma de la dynamique des populations de bison au Pléistocène et à l’Holocène en Europe, Asie et en Amérique

basé sur les lignées mitochondriales identifiées dans les ossements analysés (Massilani et al., 2016, BMC Biology)

 

 

Ainsi nous avons pu éclairer l’histoire évolutive du bison européen ce qui n’a pas été possible en utilisant l’approche paléontologique basée sur l’analyse comparative de la morphologie des ossements. En effet, nous avons montré pour la première fois qu’il y avait en France jusqu’à il y a environ 29.000 ans une population de bisons caractérisée par une lignée mitochondriale proche des bisons européens et clairement différente des bisons des steppes. La lignée mitochondriale de ces derniers arrive en France seulement autour de 35.000 ans, reste jusqu’à la fin du dernier maximum glaciaire et disparaît ensuite en Europe alors qu’il se maintient en Amérique du Nord. A partir de 14.500 ans, nous voyons arriver dans la région de la Suisse du Nord-est la lignée mitochondriale du bison européen qui avait survécu dans le Caucase du Sud. Nous observons donc une succession de lignées mitochondriales qui suit les changements climatiques connus et les environnements associés : c’est la lignée de B. priscus qui est corrélée avec le climat froid-sec en Europe occidentale et les lignées de B. bonasus avec un climat plus tempéré. Ceci suggère que les populations porteuses de ces lignées étaient adaptées à des environnements différents, les bisons de steppes à des environnement froids et secs, ce qui correspond aux steppes, et les bisons européens à des environnements plus tempérés et boisés. Le remplacement de la lignée du B. bonasus ancien et du B. priscus a dû se produire entre 36 et 34.000 ans. Si ces lignées correspondent aux populations du bison européen ancien et du bison des steppes, ce chevauchement de deux écomorphotypes a dû être observé par les peintres paléolithiques qui ont peint sur un pilier dans la grotte de Chauvet, proche des sites dont sont originaires les ossements que nous avons analysés, deux bisons qui pourraient correspondre à ces deux types de bisons (Massilani et al., 2016, BMC Biology).

Les généticiens s’interrogent depuis longtemps sur les relations génomiques entre les bisons et les aurochs. En effet, au niveau mitochondrial, les bœufs, B. primigenius f. taurus, sont phylogénétiquement proches des bisons européens, B. bonasus, tandis que le bison américain, B. bison, ainsi que son ancêtre, le bison des steppes, B. priscus, sont plus éloignés. Par contre, au niveau génomique, les deux espèces de bison sont proches et éloignées des bœufs, comme attendu. Nos analyses proposent comme explication la plus parcimonieuse de ce phénomène que c’est le « tri de lignages incomplet » qui en est responsable, contrairement à ce qui a été proposé par une autre étude paléogénétique (Soubrier et al., 2016). En construisant un projet en collaboration avec des paléontologues (Jean-Philippe Brugal et Antigone Uzidinis) et des généticiens de l’INRA, spécialistes de la génomique des Bovina actuels, nous avons effectué une étude combinant des analyses morphologiques, génomiques et paléogénomiques afin d’identifier les biais et erreurs d’analyse qui ont perturbés les publications jusqu’alors. Cette étude a montré qu’une partie des données ainsi que les conclusions de l’étude de Soubrier et al., 2016 sont erronées. Nous avons montré que les bisons et aurochs partagent une longue histoire évolutive et que la spéciation entre les deux lignées ne s’est effectuée qu’il y a environ 800.000 ans, tandis que la séparation des deux lignées de bisons, l’américaine et l’européenne, ne fut complète que lors du passage sur le continent américain de l’ancêtre de la lignée américaine, B. priscus, il y a environ 140.000 ans (Grange et al., 2018, Diversity).

 

Représentation schématique de l’arbre évolutif des génomes des Bovina. L’arbre récapitule les événements évolutifs déduits des mitogénomes et des génomes nuclaires. Les mitogénomes sont représentés comme lignes bleues, les populations déduites à partir des génomes comme enveloppes roses. Les flèches indiquent le flux génique. Les étoiles grises indiquent les formes éteintes ainsi que la date de leur extinction (Grange et al., 2018, Diversity).

Nous avons aussi montré que le bison européen n’est pas une espèce hybride, contrairement à ce qui a été postulé par Soubrier et al., 2016. De plus, nous avons proposé que les apparentes contradictions entre les résultats obtenus grâce à l’analyse de l’ADN mitochondrial et ceux obtenus par l’analyse du génome nucléaire pourraient être le résultat d’un comportement différent entre mâles et femelles : les mâles seraient responsables de l’homogénéisation du pool génique alors que les femelles seraient responsables de la spécialisation des populations de bisons aux différentes niches écologiques (Grange et al., 2018, Diversity).

 

Représentation schématique de la dynamique des populations de bisons sur le continent eurasiatique déduite des résultats des mitogénomes depuis le Pléistocène supérieur jusqu’au présent (Grange et al., 2018, Diversity).

 

Actuellement, nous poursuivons cette étude en analysant des génomes entiers de bisons ayant vécu il y a 150 000 à 100 ans.

 

2. EVOLUTION DU GÉNOME BOVIN LORS DE LA DOMESTICATION.

 

Contrairement aux bisons, leur espèce-sœur, l’aurochs Bos primigenius, est éteint sous sa forme sauvage mais a survécu sous sa forme domestique. C’est le processus de sa domestication qui nous intéresse depuis longtemps et constitue un des projets majeurs de notre équipe.

La domestication des plantes et animaux était une étape majeure dans l’évolution de l’être humain, dans le développement et la diffusion de l’agro-pastoralisme et la fondation des sociétés agricoles modernes. Ce processus a été nommé « la révolution néolithique » (Childe, 1925), son importance étant comparable à celle de la révolution industrielle. L’agriculture et l’élevage ont permis à l’être humain de produire de la nourriture à un niveau régulier nécessaire pour alimenter une population en croissance. La domestication est probablement un processus graduel et fluide caractérisé par une période transitoire plus ou moins longue de coexistence entre deux espèces avant que la reproduction de l’une ne soit contrôlée. Ce processus cumulatif est caractérisé par une dépendance mutuelle croissante entre les populations humaines et les populations animales et végétales en cours de domestication avec des avantages sélectifs pour les deux partenaires (Zeder et al., 2006). Le processus de domestication implique des changements de populations humaines et animales, mais aussi pour l’humain de technologies et de conditions sociales. Il requiert d’une part que l’humain dispose des conditions culturelles permettant le contrôle reproductif des animaux, d’autre part que les propriétés biologiques des animaux ciblés les rendent adaptés à la domestication. L’étude du processus de la domestication requiert donc aussi bien l’analyse du statut culturel des sociétés humaines qui auraient effectué la domestication que l’analyse de la biologie et de la distribution écologique des espèces ciblées.

Le but de ce projet qui est financé par l’ANR depuis 2018 (Projet « Path2Bos », coordonné par notre équipe) est la reconstruction grâce à la paléogénomique de la voie évolutive des bovins depuis la domestication des aurochs au Néolithique en Asie du sud-ouest (ASO), la diffusion des bovins domestiques à travers l’Europe et l’Afrique et leur évolution jusqu’à aujourd’hui. Pour cela, nous analysons les génomes que nous produisons à partir de restes osseux d’aurochs et de bovins originaires d’ASO, d’Europe et d’Afrique du Nord tout au long de l’Holocène avec quelques références du Pléistocène supérieur. L’objectif est double : (1) D’abord, nous cherchons à caractériser le cours du processus de domestication des bovins et de ses spécificités locales qui, en corrélation avec les données archéologiques, devraient nous fournir des informations précieuses sur la sélection mise en œuvre par les sociétés anciennes sur les bovins et donc sur certains aspects de leurs cultures et modes de vie. (2) Puis, nous caractériserons la variabilité ancienne impliquée dans des traits importants pour l’espèce domestique mais risquant d’être perdue en raison de la sélection intensive récente. Nous cherchons alors à identifier de régions génomiques qui ont été sélectionnées à des étapes précoces de la domestication et qui correspondent à des phénotypes de base que l’on devrait préserver au sein des schémas de sélection actuelle. Ces questions n’ont pas encore été adressées dans une publication en 2019 qui a présenté une analyse paléogénomique d’ossements bovins du Proche-Orient et des Balkans mais qui portait surtout sur le croisement à l’Âge du Bronze entre les bovins proche-orientaux et les zébus (Pereira Verdugo et al., 2019).

Le projet se base sur la caractérisation génétique, déjà effectuée par notre équipe, d’un grand nombre d’ossements archéologiques d’aurochs et de bovins domestiqués. En effet, nous avons génotypé environ 700 ossements bovins néolithiques, des âges des Métaux, de l’Antiquité et du Moyen Âge et obtenu les génotypes mitochondriaux d’environ 200 d’entre eux ainsi qu’un génome entier couvert à une profondeur de 7X d’un aurochs anatolien sauvage vieux d’environ 9.000 ans. Ce génome nous a permis en collaboration avec des génomiciens de populations animales de l’INRA de Toulouse (Simon Boitard et Bertrand Servin) de déterminer la place phylogénétique de cet aurochs par rapport aux populations modernes et l’évolution des tailles des populations ancestrales des aurochs d’Asie du Sud-ouest qui met en évidence la forte réduction de la taille de cette population au cours du Pléistocène tardif.

Ce génome nous sert comme ligne de base pour cribler dans les ~30 génomes anciens que nous séquençons à haute couverture et que nous allons comparer par différentes approches complémentaires de génétique de populations avec les environ 3.000 génomes bovins actuels déjà séquencés. Ceci nous permettra d’identifier les régions génomiques qui ont changé au cours du temps et qui ont subi des « balayages sélectifs», et ainsi d’identifier les différents événements de sélection, les origines des différentes populations sur lesquelles une sélection a été effectuée, et d’explorer la validité de différents modèles démographiques utilisés actuellement pour détecter le « balayage sélectif » dans les données génomiques actuelles. Nous allons aussi utiliser des données « pangénomique » produites pour les bovins actuels afin de reconstruire l’évolution de traits complexes multigéniques. Les résultats attendus de ce projet portent sur trois volets : (1) Ils amélioreront la puissance et la précision des approches utilisées pour identifier des régions génomiques sélectionnées positivement. (2) Ils renforceront notre capacité d’estimer la force de sélection et de dater l’origine des événements de sélection correspondants. (3) Ils permettront d’identifier des variants sélectionnés dans le passé et qui ont été perdu depuis l’utilisation des méthodes de sélection intensive avec insémination artificielle et ainsi caractériser les bases génétiques de traits phénotypiques qui pourront être utiles pour préserver un élevage bovin durable.

 

3. EVOLUTION DU GÉNOME DES CHATS LORS DE LA DOMESTICATION

 

 

Nous avons utilisé la méthode aMPlex Torrent, développé par notre équipe (Guimaraes et al., 2017), pour un autre projet portant sur la domestication des chats. Ici encore, nous avons cherché à établir sur la base de l’ADN mitochondrial la phylogéographie des chats, c’est-à-dire, la structure des populations des chats sauvages, Felis silvestris, avant le Néolithique afin de mettre en évidence comment était construit le paysage génétique de cette espèce précédant sa domestication, car les populations actuelles des chats ne montrent aucune structure au niveau de l’ADN mitochondrial. Cette approche nous a permis de retracer au cours du temps la diffusion des chats apprivoisés ou domestiqués pendant les périodes qui ont suivi (Ottoni et al., 2017, Nature Ecol & Evol). Cette étude était la première de ce genre et visait à éclairer les processus de domestication qui était toujours controversé. En effet, il est impossible de distinguer morphologiquement les ossements des chats sauvages des chats domestiqués. Il n’existait alors que deux indications archéologiques concernant l’origine du chat domestique : l’une était la sépulture à Chypre d’un enfant au début du Néolithique dans lequel se trouvait un squelette de chat (Vigne et al., 2007) qui a dû être transporté par les agriculteurs de l’Anatolie ou du Levant sur cette île ; l’autre était une tombe contenant six squelettes de chats dans une nécropole égyptienne de la période pré-dynastique (van Neer et al., 2011). L’iconographie en Egypte a quant à elle aussi réservé une place importante au chat, indiquant le rapprochement entre chats et êtres humains dans un contexte domestique. Nous avons pu montrer qu’il y avait des populations de chats sauvages bien distinctes en Europe pré-Néolithique, F. silvestris silvestris, et en Asie du Sud-ouest (ASO) au début du Néolithique, F. silvestris lybica. Ceci correspondait aux attentes car les chats sont des animaux territoriaux. De plus, ils évitent l’eau et ne traverseraient pas des détroits maritimes. Cette distribution a changé avec la migration des premiers agriculteurs vers l’Europe car nous avons observé, à ce moment-là, l’apparition de la lignée mitochondriale anatolienne dans les ossements de chats préservés dans des sites néolithiques dans les territoires correspondant à la Bulgarie et à la Roumanie actuelles. Nous l’avons aussi trouvée ailleurs en ASO et en Egypte. Ceci suggère que les chats sauvages s’étaient rapprochés au début du Néolithique, probablement attirés par les rongeurs qui pullulaient autours des stocks de céréales. La domestication aurait été initiée à cette époque et aurait suivi la voie du commensalisme. Dans des momies de chats égyptiens de la période ptolémaïque, nous avons trouvé une autre lignée mitochondriale qui n’était pas présente dans les ossements analysés des autres régions. Cette lignée égyptienne a été diffusée très rapidement et efficacement dans les périodes suivantes et nous l’avons trouvée aussi bien dans des sites romains en Asie Mineure, en Grèce, en Iran, que dans la Mer Baltique dans des sites Vikings.  De plus, nous avons trouvé dans un port romain en Egypte sur la côte de la Mer Rouge la lignée mitochondriale du chat sauvage indien, ce qui témoigne de l’échange commercial qui avait lieu entre les deux régions, mais aussi d’événements d’hybridation entre les chats sauvages et les chats compagnons des marins. Le patron de diffusion indique donc que le chat suivait les êtres humains au cours de leurs migrations, mais aussi via les routes d’échanges, de commerce et de guerre, surtout maritimes (voir figure ci-contre indiquant les voies de diffusion du chat au cours du temps).

 

 

 

Cette étude a connu un très fort retentissement dans les médias et a été choisi parmi les 10 découvertes de l’année 2017 par la revue La Recherche. En terme d’impact (score Altmetrics), l’article se situe dans la 99ème percentile (63ème sur 265 855 articles) des articles suivis d’un âge similaire dans tous les journaux, et est le 1er sur 87 articles d’un âge similaire publiés par « Nature Ecology & Evolution ».

 

Notre première étude paléogénétique du processus de domestication des chats portait, comme pour les aurochs, sur l’établissement du patron de phylogéographie en Europe, Asie du sud-ouest et Afrique du Nord des chats sauvages, dont les ancêtres des chats domestiqués, Felis silvestris lybica. Notre analyse de nombreux ossements datés depuis le Néolithique jusqu’aux temps modernes dans le pourtour méditerranéen et jusqu’au territoire des Vikings nous a renseigné sur le changement au cours du temps des aires de répartition des différentes lignées de chats et donc sur le processus de diffusion du chat par les êtres humains (Ottoni et al., 2017, Nature Ecology & Evolution). Nous avons pu mettre en évidence que les chats ont été diffusés depuis le Néolithique par les agriculteurs migrants depuis l’Anatolie vers l’Europe et les autres régions du Proche et Moyen Orient. Dans un deuxième temps, des chats d’origine égyptienne ont été diffusé rapidement et efficacement dans l’Empire romain et jusqu’au Moyen Âge puisque nous les avons même trouvés dans un port viking sur la Mer baltique. Néanmoins, si nous avons pu caractériser l’historique de l’origine des chats, le processus de la domestication du chat n’est pas encore éclairé. C’est pour cela que nous approfondissons notre étude de la diffusion du chat par une nouvelle étude à l’échelle génomique pour identifier les particularités régionales du processus d’apprivoisement et de domestication du chat en fonction des différentes sociétés impliquées potentiellement dans la domestication, en particulier l’Egypte et l’Asie du Sud-ouest. Ceci devrait aussi nous permettre de caractériser ce processus dans le temps, c’est-à-dire, de voir à quel moment quel(s) caractère(s) phénotypique(s) (par exemple couleur du pelage, comportement non-farouche et non-agressif, digestion du lait, etc.), a(ont) été sélectionné(s). Nous cherchons aussi à retracer l’histoire de l’hybridation entre chats sauvages et chats domestiques. Ceci n’est possible qu’au travers de la paléogénomique car les différences morphologiques entre chats sauvages et domestiqués sont minimales voire inexistantes, et l’hybridation était courante tout au long de l’histoire de domestication du chat. Pour pouvoir identifier l’hybridation au niveau génomique il faut donc obtenir des génomes de chats sauvages prédatant la domestication et la diffusion ou datant du début de ce processus et ce que nous entreprenons en ce moment. Nous avons déjà séquencé et analysé une dizaine de mitogénomes entiers et sont en train d’en séquencer plusieurs dizaines. Nous analysons également des marqueurs phénotypiques de la domestication concernant l’apparence des animaux (couleurs et qualités du pelage). Finalement, nous produisons des génomes partiels et complets de chats anciens originaires d’Asie du Sud-ouest, d’Egypte, et d’Europe et les comparons avec plusieurs centaines de génomes actuels en collaboration avec le consortium international « 99 lives » dirigé par Leslie Lyons, Université de Missouri, USA. Cette comparaison de génomes anciens et actuels nous permettra d’identifier et caractériser les changements génomiques qui se sont produits au cours du processus de domestication, de les dater et de déterminer les endroits où ils se sont produits. Ceci devrait faire avancer très significativement notre compréhension du processus de domestication du chat.

 

4. ETUDE PALÉOGÉNOMIQUE DU PEUPLEMENT DE LA FRANCE DEPUIS LE NÉOLITHIQUE

 

 

Nous adoptons les approches de la paléogénomique afin d’enrichir le domaine de la paléoanthropologie et de la préhistoire avec des données que l’on ne peut obtenir ni avec des approches conventionnelles basées sur l’analyse de la morphologie des squelettes, ni en analysant les populations humaines actuelles.

La quantité d’information que pourra fournir la séquence d’un génome de haute qualité, comme ceux des Néandertaliennes d’Altaï et de Vindija ainsi que de la Dénisovienne, est immense et encore insuffisamment appréciée. En fait, l’information que la communauté des généticiens est capable de récupérer à partir de la séquence d’un génome ne représente encore qu’une partie de ce qui est codé dans ce génome. On peut déjà très bien caractériser les liens de parenté, les effets démographiques, certains événements de métissage, ainsi que quelques gènes dont l’action des protéines correspondantes sur les voies biochimiques sont connues. Par contre, jusqu’à aujourd’hui, il reste encore beaucoup de gènes qui ne sont pas entièrement analysés chez les êtres humains actuels, bien que les dizaines de milliers de chercheurs en génétique qui s’attèlent à ce déchiffrement des liens entre génotype et phénotype font progresser régulièrement la connaissance. Or, les paléogénomiciens ne peuvent analyser dans les génomes anciens que les mutations dans les gènes dont on connaît l’action. C’est pour cela que dans les années à venir, les généticiens seront à même de réanalyser les génomes anciens dont la séquence est connue, accessible pour tout chercheur, c’est-à-dire immortalisée, pour extraire de plus en plus d’informations sur la biologie des populations anciennes suite aux progrès que feront la biologie et génétique fondamentale et médicale. Les séquences des génomes anciens constituent donc un patrimoine pour les générations futures de chercheurs.

Les données du domaine de la paléogénomique humaine ont déjà enrichi énormément la paléoanthropologie en identifiant des populations inconnues auparavant, comme les Dénisoviens, en caractérisant temporellement et spatialement les événements de métissage ainsi que les rôles que jouaient les événements de remplacement et de migrations des différentes populations humaines du passé. Ces données peuvent révéler des structures de populations et de flux génétique qui nous renseignent d’une manière inédite sur la préhistoire de notre espèce. En effet, le séquençage de génomes d’individus anciens permet de répondre à des questions concernant la biologie et l’anthropologie des êtres humains actuels : Qui étaient les êtres humains anciens et quels liens de parenté avaient-ils entre eux et avec les êtres humains actuels ? Quand et combien de fois les êtres humains anatomiquement modernes et les êtres humains archaïques s’étaient-ils métissés ? Quelles routes de migrations avaient-ils poursuivi ? Comment différentes populations ont interagi entre elles et quelle est l’influence de ces interactions sur les populations humaines actuelles et sur leur démographie ? Plus la résolution dans le temps et dans l’espace de ces analyses sera grande, mieux nous comprendrons notre passé. Au fur et à mesure de la progression des connaissances sur le déterminisme génétique des caractères phénotypiques, il sera aussi possible de mettre en évidence des caractéristiques biologiques des individus et populations du passé, comme c’était déjà possible pour la capacité d’assimiler le lait frais.

Les données génétiques des êtres humains anciens peuvent aussi être corrélées avec les données archéologiques portant sur les cultures et ainsi permettre l’établissement de liens entre biologie et culture, ce qui indique la diffusion démographique d’une culture. L’inverse peut aussi être révélé quand il y a absence de lien entre culture et populations indiquant une transmission matérielle et/ou de savoir-faire d’une culture.

Depuis 2012, nous avons travaillé sur le développement méthodologique devant permettre l’analyse sans ambiguïté de restes humains. Nous avons mis en place une méthode de capture d’ADN mitochondrial à partir d’extraits fossiles humains qui consistent d’un mélange complexe de molécules d’ADN d’origine diverses et variées, surtout des microorganismes du sol colonisant les ossements lors de leur enfouissement. Cette méthode efficace nous a permis d’obtenir des mitogénomes entiers. Depuis 2015, nous l’avons utilisé pour analyser des squelettes du territoire français, depuis le Néolithique jusqu’au Moyen Âge. Grâce aux os pétreux dans lesquels l’ADN est particulièrement bien préservé, nous avons dans un premier temps génotypé 203 spécimens, au niveau de leur lignée mitochondriale (mitogénomes entiers), leur lignée paternelle (chromosome Y), des marqueurs dits « ancestraux » (car indiquant l’origine) ainsi qu’au niveau de gènes impliqués dans des phénotypes comme la couleur des yeux, de la peau, des cheveux, la persistance de la lactase (enzyme permettant de digérer le lait de vache), mais aussi dans la réponse immunitaire. De plus, les génomes nucléaires entiers ont pu être séquencés, bien qu’à faible couverture, à partir de 52 individus du Néolithique et des âges des Métaux. Ceci nous a permis d’établir les relations de ces populations sur le territoire de la France actuelle avec celles d’autres territoires, comme l’Allemagne et l’Espagne (Brunel et al., 2020, PNAS).

Analyse en composantes principales d’informations génomiques d’individus de l’Ouest de l’Europe produites dans le cadre de la thèse de S. Brunel ainsi que dans des publications d’autres équipes internationales et projetées sur les génomes d’Européens actuels (Brunel et al., 2020, PNAS).

 

L’analyse en composantes principales montre que les individus néolithiques du territoire de la France actuelle se situent dans la continuité génomique avec les agriculteurs néolithiques anatoliens. Ceci prouve d’une manière irréfutable que la culture néolithique est arrivée en France avec les agriculteurs néolithiques originaires d’Anatolie dont les génomes se différenciaient clairement de ceux des chasseurs-cueilleurs mésolithiques autochtones. Cette ACP montre aussi une évolution des génomes en France à partir d’il y a ~4200 ans où l’influence des génomes des steppes pontiques se fait sentir. C’est à cette période-là que le génome des Européens a été établi et qui n’a plus expérimenté un flux génétique important de l’extérieur.

 

Proportions des génomes des différents individus analysés attribuables aux chasseurs-cueilleurs mésolithiques de l’Europe du Sud et de l’Ouest (Villabruna et GoyetQ2), aux agriculteurs néolithiques anatoliens (Anatolia-N) ainsi qu’aux pasteurs des steppes nomades de la culture des Kurgans (Yamnaya). A droite sont indiqués également les haplotypes mitochondriaux et ceux des chromosomes Y.

(Brunel et al., 2020, PNAS)

 

La comparaison par l’analyse statistique « qpAdm » des génomes des individus du territoire français à la protohistoire avec ceux des réprésentants de deux populations de chasseurs-cueilleurs d’Europe de l’Ouest (Villabruna et GoyetQ2) ainsi qu’avec les génomes des Néolithiques anatoliens (Anatolia-N) et les pasteurs des steppes pontiques (Yamnaya) montre que certains des premiers agriculteurs néolithiques rubanés du territoire français étaient métissés avec les chasseurs-cueilleurs mésolithiques alors que d’autres étaient des descendants directs des agriculteurs néolithiques anatoliens. Le métissage avec les chasseurs-cueilleurs mésolithiques a pris de l’ampleur au cours du Néolithique. Les génomes mitochondriaux et le chromosome Y des Néolithiques français étaient majoritairement d’origine anatolienne, mais sur certains sites néolithiques, par exemple en Champagne, il y avait prédominance des mitogénomes des chasseurs-cueilleurs.

L’âge du Bronze voit l’arrivée du métissage des Néolithiques français avec une population identifiée comme « Yamnaya », c’est-à-dire, des populations de pasteurs des steppes pontiques de la culture des Kurganes. Le métissage est perceptible au niveau des génomes, constitués jusqu’à 50% de la fraction « Yamnaya », ainsi qu’au niveau du chromosome Y dont l’haplogroupe R1b1a1 est caractéristique des Yamnayas. Ce dernier a été trouvé dans tous les squelettes mâles analysés de l’âge du Bronze jusqu’au l’âge du Fer et est toujours aujourd’hui majoritaire dans l’Ouest de l’Europe et surtout en France de l’Ouest.

Nous continuons actuellement cette étude en nous focalisant sur les populations du Bassin Parisien au Néolithique afin d’analyser leurs compositions, leurs relations de parenté, leurs métissages et leurs migrations. Ceci nous permettra d’obtenir une image à haute résolution des groupes des premiers agriculteurs, leurs évolutions au cours du Néolithique et leurs interactions avec les chasseurs-cueilleurs autochtones.

 

5. PALÉOGÉNOMIQUE DU MOYEN ÂGE DE L’OUEST DU TERRITOIRE DE LA FRANCE ACTUELLE.

 

Depuis 2018, dans le cadre d’un projet interdisciplinaire financé par l’ANR, « FROGH » coordonné par Christian Dina, Institut du Thorax, Nantes, nous analysons des squelettes de l’Ouest de la France (Bretagne, Vendée, Loire atlantique) depuis la période gallo-romaine à la fin du Moyen Âge. D’une part, nous cherchons à évaluer les distances génétiques entre ces populations et celles d’autres régions européennes et d’autres périodes jusqu’au présent et d’en déduire les événements démographiques ayant lieu avant et pendant cette période, et d’autre part, nous cherchons à analyser l’évolution dans ces populations de la France de l’Ouest d’allèles de susceptibilité de maladies génétiques rares. D’ores et déjà, nous avons obtenu des génomes à faible couverture d’une centaine d’individus. Nous analysons la structure génétique ainsi que des maladies génétiques des populations de l’Ouest de la France de l’époque gallo-romaine jusqu’au Moyen Âge. Le projet se base sur des études des génomes de populations actuelles qui ont permis la découverte d’allèles (variants génétiques) rares qui concernent la susceptibilité pour des maladies (bien qu’ils ne confèrent qu’un risque limité pour le développement de ces maladies) qui sont concentrés dans des aires géographiques limitées. Cette étude analyse donc en parallèle la population actuelle et ancienne de la même région géographique et intègre des données génétiques, épidémiologiques et démographiques. Nous allons ainsi interroger des variants génétiques trouvés dans des patients avec une maladie commune dans le contexte d’une investigation génétique le long d’un axe spatial et d’un axe temporel. Ce projet contribuera aussi à la construction d’un panel de référence de génomes français afin de permettre à la France de mieux se situer dans les consortia internationaux dédiés à la génétique humaine. Notre intention est de poursuivre ce projet afin de remonter dans le temps pour identifier l’évolution dans le temps et dans l’espace de ces traits génétiques identifiés dans des populations actuelles auxquelles ils sont spécifiques et qui ont un lien avec des susceptibilités pour certaines maladies. Cette étude fournira en même temps des nombreuses informations sur la génétique des populations du territoire en France à l’Holocène et en particulier sur des traits phénotypiques sous sélection positive.

Responsables :

Thierry GRANGE
Téléphone : +33 (0)157278129
Email : thierry.grange (at) ijm.fr

Eva-Maria GEIGL
Téléphone : +33 (0)157278132
Email : eva-maria.geigl (at) ijm.fr

 

Membres de l’équipe :

Fabien

Lesley Caitlin

FAUCHEREAU

MARTIN

Enseignant-chercheur

Doctorante

Jeanne MATTEI Doctorante
Oguzhan PARASAYAN Doctorant
Sabine ROUSSELOT Ingénieure en biologie

Bennett, E.A., Weber, J., Bendhafer, W., Champlot, S., Peters, J., Schwartz, G., Grange, T., Geigl, E.-M. (2022) The genetic identity of the earliest human-made hybrid animals, the kungas of Syro-Mesopotamia. Science Advances 8, eabm0218. DOI : 10.1126/sciadv.abm0218

Guimaraes, S., Arbuckle, B., Peters, J., Adcock, S., Buitenhuis, H., Chavin, H., Manaseryan, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2020) Ancient DNA shows domestic horses were introduced in the southern Caucasus and Anatolia during the Bronze Age. Science Advances, 6: eabb0030, DOI: 10.1126/sciadv.abb0030

Brunel, S., Bennett, E.A., Cardin, L., Garraud, D., Barrand Emam, H., Beylier, A., Boulestin, B., Chenal, F., Cieselski, E., Convertini, F., Dedet, B., Desenne, S., Dubouloz, J., Duday, H., Fabre, V., Gailledrat, E., Gandelin, M., Gleize, Y., Goepfert, S., Guilaine, J., Hachem, L., Ilett, M., Lambach, F., Mazière, F., Perrin, B., Plouin, S., Pinard, E., Praud, I., Richard, I., Riquier, V., Roure, R., Sendra, B., Thevenet, C., Thiol, S., Vauquelin, E., Vergnaud, L., Grange, T.*, Geigl, E.-M.*, Pruvost, M.* (2020) Ancient genomes from present-day France unveil 7,000 years of its demographic history. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 117(23):12791-12798, DOI:10.1073/pnas.1918034117.

Bennett, E.A., Crevecoeur, I., Viola, B., Derevianko, A.P., Shunkov, M.V., Grange, T., Maureille, B., Geigl, E.-M. (2019) Morphology of the Denisovan phalanx closer to modern humans than to Neandertals. Science Advances, 5:eaaw3950, DOI 10.1126/sciadv.aaw3950, DOI: 10.1126/sciadv.aaw3950

Grange, T., Brugal, J.-P., Flori, L., Gautier, M., Uzunidis, A., Geigl, E.-M. (2018) The Evolution and Population Diversity of Bison in Pleistocene and Holocene Eurasia: Sex Matters. Diversity 10, 65; doi:10.3390/d10030065

Ottoni, C., Van Neer, W., De Cupere, B., Daligault, J., Guimaraes, S., Peters, J., Spassov, N., Prendergast, M.E., Boivin, N., Morales-Muniz, A., Bălăşescu, A., Becker, C., Benecke, N., Boronenanț, A., Buitenhuis, H., Chahoud, J., Crowther, A., Llorente, L., Manaseryan, N., Monchot, H., Onar, V., Osypińska, M., Putelat, O., Studer, J., Wierer, U., Decorte, R., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) The paleogenetics of cat dispersal in the ancient world. Nature Ecology & Evolution 1, 0139. DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-017-0139.

Bennett, E.A., Champlot, S., Peters, J., Arbuckle, B.S., Guimaraes, S., Pruvost, M., Bar-David, S., Davis, S.J.M., Gautier, M., Kaczensky, P., Kuehn, R., Mashkour, M., Morales-Muñiz, M., Pucher, E., Tournepiche, J.-F., Uerpmann, H.-P., Bălăşescu, A., Germonpré, M., Y. Günden, C., Hemami, M.-R., Moullé, P.-E., Öztan, A., Uerpmann, M., Walzer, C., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) Taming the Late Quaternary phylogeography of the Eurasiatic wild ass through ancient and modern DNA. Plos one 12(4): e0174216. /doi.org/10.1371/journal.pone.0174216

Massilani, D., Guimaraes, S., Brugal, J.-P., Bennett, E.A., Tokarska, M., Arbogast, R., Baryshnikov, G., Boeskorov, G., Castel, J.-C., Davydov, S., Madelaine, S., Putelat, O., Spasskaya, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl,E.-M.* (2016) Past climate changes, population dynamics and the origin of Bison in Europe. BMC Biology 14:93-110. DOI 10.1186/s12915-016-0317-7

Guimaraes S, Pruvost M, Daligault J, Stoetzel E, Bennett EA, Côté NM, Nicolas V, Lalis A, Denys C, Geigl EM*, Grange T.* (2017) A cost-effective high-throughput metabarcoding approach powerful enough to genotype ~44 000 year-old rodent remains from Northern Africa. Mol Ecol Resour. 17: 405-417. doi: 10.1111/1755-0998.12565

Champlot S., Berthelot C., Pruvost M., Bennett E. A., Grange T. and Geigl E.M. (2010) An Efficient Multistrategy DNA Decontamination Procedure of PCR reagents for Hypersensitive PCR Applications. PLOS One, 5(9), e13042.

Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Braguier, S., Morel, N., Fernandez-Jalvo, Y., Grange, T., Geigl, E.-M. (2007) Freshly excavated fossil bones are best for amplification of ancient DNA. Proc. Ntl. Acad. Sci. USA, 104, 739-744.

*shared senior authors

Publications significatives de l’équipe :

Bennett, E.A., Weber, J., Bendhafer, W., Champlot, S., Peters, J., Schwartz, G., Grange, T., Geigl, E.-M. (2022) The genetic identity of the earliest human-made hybrid animals, the kungas of Syro-Mesopotamia. Science Advances 8, eabm0218. DOI : 10.1126/sciadv.abm0218

 

Guimaraes, S., Arbuckle, B., Peters, J., Adcock, S., Buitenhuis, H., Chavin, H., Manaseryan, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2020) Ancient DNA shows domestic horses were introduced in the southern Caucasus and Anatolia during the Bronze Age. Science Advances, 6: eabb0030, DOI: 10.1126/sciadv.abb0030

 

Brunel, S., Bennett, E.A., Cardin, L., Garraud, D., Barrand Emam, H., Beylier, A., Boulestin, B., Chenal, F., Cieselski, E., Convertini, F., Dedet, B., Desenne, S., Dubouloz, J., Duday, H., Fabre, V., Gailledrat, E., Gandelin, M., Gleize, Y., Goepfert, S., Guilaine, J., Hachem, L., Ilett, M., Lambach, F., Mazière, F., Perrin, B., Plouin, S., Pinard, E., Praud, I., Richard, I., Riquier, V., Roure, R., Sendra, B., Thevenet, C., Thiol, S., Vauquelin, E., Vergnaud, L., Grange, T.*, Geigl, E.-M.*, Pruvost, M.* (2020) Ancient genomes from present-day France unveil 7,000 years of its demographic history. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 117(23):12791-12798, DOI:10.1073/pnas.1918034117.

 

Bennett, E.A., Crevecoeur, I., Viola, B., Derevianko, A.P., Shunkov, M.V., Grange, T., Maureille, B., Geigl, E.-M. (2019) Morphology of the Denisovan phalanx closer to modern humans than to Neandertals. Science Advances, 5:eaaw3950, DOI 10.1126/sciadv.aaw3950, DOI: 10.1126/sciadv.aaw3950

 

Grange, T., Brugal, J.-P., Flori, L., Gautier, M., Uzunidis, A., and Geigl, E.-M. (2018) The Evolution and Population Diversity of Bison in Pleistocene and Holocene Eurasia: Sex Matters. Diversity 10, 65; doi:10.3390/d10030065

 

Ottoni, C., Van Neer, W., De Cupere, B., Daligault, J., Guimaraes, S., Peters, J., Spassov, N., Prendergast, M.E., Boivin, N., Morales-Muniz, A., Bălăşescu, A., Becker, C., Benecke, N., Boronenanț, A., Buitenhuis, H., Chahoud, J., Crowther, A., Llorente, L., Manaseryan, N., Monchot, H., Onar, V., Osypińska, M., Putelat, O., Studer, J., Wierer, U., Decorte, R., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) The paleogenetics of cat dispersal in the ancient world. Nature Ecology & Evolution 1, 0139. DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-017-0139.

 

Bennett, E.A., Champlot, S., Peters, J., Arbuckle, B.S., Guimaraes, S., Pruvost, M., Bar-David, S., Davis, S.J.M., Gautier, M., Kaczensky, P., Kuehn, R., Mashkour, M., Morales-Muñiz, M., Pucher, E., Tournepiche, J.-F., Uerpmann, H.-P., Bălăşescu, A., Germonpré, M., Y. Günden, C., Hemami, M.-R., Moullé, P.-E., Öztan, A., Uerpmann, M., Walzer, C., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) Taming the Late Quaternary phylogeography of the Eurasiatic wild ass through ancient and modern DNA. Plos one 12(4): e0174216. /doi.org/10.1371/journal.pone.0174216

 

Guimaraes S, Pruvost M, Daligault J, Stoetzel E, Bennett EA, Côté NM, Nicolas V, Lalis A, Denys C, Geigl E.-M.*, Grange T.* (2017) A cost-effective high-throughput metabarcoding approach powerful enough to genotype ~44 000 year-old rodent remains from Northern Africa. Mol Ecol Resour. 17: 405-417. doi: 10.1111/1755-0998.12565

 

Massilani, D., Guimaraes, S., Brugal, J.-P., Bennett, E.A., Tokarska, M., Arbogast, R., Baryshnikov, G., Boeskorov, G., Castel, J.-C., Davydov, S., Madelaine, S., Putelat, O., Spasskaya, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl,E.-M.* (2016) Past climate changes, population dynamics and the origin of Bison in Europe. BMC Biology 14:93-110. DOI 10.1186/s12915-016-0317-7

 

Côté, N.M.L., Daligault, J., Pruvost, M., Bennett, E.A., Gorgé, O., Guimaraes, S., Capelli, N., Le Bailly, M., Geigl, E.-M.*, Grange, T.* (2016) A New High-Througput Approach to Genotype Ancient Human Gastrointestinal Parasites.  PLoS One. 2016 11(1):e0146230. doi: 10.1371/journal.pone.0146230. eCollection 2016.

 

Bennett, E.A., Massilani, D., Lizzo, G., Daligault, J., Geigl, E.-M., Grange, T. (2014) Library construction for ancient genomics: single strand or double strand? Biotechniques 56:289-300. DOI: 10.2144/000114176

Grange T. and Lourenço E. E. (2011) Mechanisms of Epigenetic Gene Activation in Disease: Dynamics of DNA Methylation and Demethylation, in Epigenetic Aspects of Chronic Diseases; pp 55-73; Roach H.I., Bronner F. and Oreffo R. O. eds, Springer, London.

Charruau P, Fernandes C, Orozco-Terwengel P, Peters J, Hunter L, Ziaie H, Jourabchian A, Jowkar H, Schaller G, Ostrowski S, Vercammen P, Grange T, Schlötterer C, Kotze A, Geigl, E.-M., Walzer C, Burger PA. (2010) Phylogeography, genetic structure and population divergence time of cheetahs in Africa and Asia: evidence for long-term geographic isolates. Mol Ecol. (4):706-724

Champlot S., Berthelot C., Pruvost M., Bennett E. A., Grange T. and Geigl E.M. (2010). An Efficient Multistrategy DNA Decontamination Procedure of PCR reagents for Hypersensitive PCR Applications. PLOS One, 5(9): e13042.

Mietton F, Sengupta AK, Molla A, Picchi G, Barral S, Heliot L, Grange T, Wutz A, Dimitrov S. (2009) Weak but uniform enrichment of the histone variant macroH2A1 along the inactive X chromosome. Mol Cell Biol. 29, 150-156

Grange T. (2008) Sensitive Detection of mRNA Decay Products Using Reverse-Ligation-Mediated PCR (RL-PCR). in Methods in Enzymology, RNA Turnover in Eukaryotes, Part B, 448, 445-466

Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Grange, T. and Geigl, E.-M. (2008). DNA diagenesis and palaeogenetic analysis: critical assessment and methodological progress. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 266, 211-219.

Miele V., C. Vaillant, Y. d’Aubenton-Carafa, C. Thermes and T. Grange (2008). DNA physical properties determine nucleosome occupancy from yeast to fly. Nucl Acids Res, 36, 3746-3756

Pruvost, M., T. Grange and E. M. Geigl (2005). “Minimizing DNA contamination by using UNG-coupled quantitative real-time PCR on degraded DNA samples: application to ancient DNA studies.” Biotechniques 38(4): 569-75.
abstract

Thomassin, H., C. Kress and T. Grange (2004). “MethylQuant: a sensitive method for quantifying methylation of specific cytosines within the genome.” Nucleic Acids Res 32(21).
abstract

Flavin, M., L. Cappabianca, C. Kress, H. Thomassin and T. Grange (2004). “Nature of the accessible chromatin at a glucocorticoid-responsive enhancer.” Mol Cell Biol 24(18): 7891-901.
abstract

Pruvost, M. and E. M. Geigl (2004). “Real-time quantitative PCR to assess the authenticity of ancient DNA amplification.” J. Archaeol. Sci. 31(9): 1191-1197.
abstract

Couttet, P. and T. Grange (2004). “Premature termination codons enhance mRNA decapping in human cells.” Nucleic Acids Res 32(2): 488-94. Print 2004.
abstract

Grange, T., L. Cappabianca, M. Flavin, H. Sassi and H. Thomassin (2001). “In vivo analysis of the model tyrosine aminotransferase gene reveals multiple sequential steps in glucocorticoid receptor action.” Oncogene 20(24): 3028-38.
abstract

Geigl, E.-M. (2002) “On the Circumstances Surrounding the Preservation and Analysis of Very Old DNA”. Archaeometry 44 (3) :337-342,

Thomassin, H., M. Flavin, M. L. Espinas and T. Grange (2001). “Glucocorticoid-induced DNA demethylation and gene memory during development.” Embo J 20(8): 1974-83.
abstract

Geigl, E. M. (2001). “Inadequate use of molecular hybridization to analyze DNA in Neanderthal fossils.” Am J Hum Genet 68(1): 287-91.
abstract

Christoffels, V. M., H. Sassi, J. M. Ruijter, A. F. Moorman, T. Grange and W. H. Lamers (1999). “A mechanistic model for the development and maintenance of portocentral gradients in gene expression in the liver.” Hepatology 29(4): 1180-92.
abstract

Sassi, H., R. Pictet and T. Grange (1998). “Glucocorticoids are insufficient for neonatal gene induction in the liver.” Proc Natl Acad Sci U S A 95(10): 5621-5.
abstract

Couttet, P., M. Fromont-Racine, D. Steel, R. Pictet and T. Grange (1997). “Messenger RNA deadenylylation precedes decapping in mammalian cells.” Proc Natl Acad Sci U S A 94(11): 5628-33.
abstract

De Sario, A., Geigl, E.-M., Palmieri, G., D’Urso, M., Bernardi, G. (J’ai co-encadré l’étudiante en these A. DeSario)A compositional map of human chromosome band Xq28. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:1298-1302, 1996

 

Francke, U., Chang, E., Comeau, K., Geigl, E.-M., Giacalone, J., Li, X., Luna, J., Moon, A., Welch, S., Wilgenbus, P. (auteurs listés par ordre alphabétique) (1994) A radiation hybrid map of human chromosome 18. Cytogenet Cell Genet 66:196-213.

 

Leib-Mösch, C., Haltmeier, M., Werner, T., Geigl, E.-M., Brack-Werner, R., Francke, U., Erfle, V., Hehlmann, R. (1993) Genomic distribution and transcription of solitary HERV-K LTRs. Genomics 18:261-269.

 

Geigl, E.-M., Eckardt-Schupp, F. (1990) Chromosome-specific identification and quantification of S1 nuclease-sensitive sites in yeast chromatin by pulsed field gel electrophoresis. Molecular Microbiology 4(5):801-810.

 

PUBLICATIONS THIERRY GRANGE

 

Guimaraes, S., Arbuckle, B., Peters, J., Adcock, S., Buitenhuis, H., Chavin, H., Manaseryan, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2020) Ancient DNA shows domestic horses were introduced in the southern Caucasus and Anatolia during the Bronze Age. Science Advances, 6: eabb0030, DOI: 10.1126/sciadv.abb0030

 

Brunel, S., Bennett, E.A., Cardin, L., Garraud, D., Barrand Emam, H., Beylier, A., Boulestin, B., Chenal, F., Cieselski, E., Convertini, F., Dedet, B., Desenne, S., Dubouloz, J., Duday, H., Fabre, V., Gailledrat, E., Gandelin, M., Gleize, Y., Goepfert, S., Guilaine, J., Hachem, L., Ilett, M., Lambach, F., Mazière, F., Perrin, B., Plouin, S., Pinard, E., Praud, I., Richard, I., Riquier, V., Roure, R., Sendra, B., Thevenet, C., Thiol, S., Vauquelin, E., Vergnaud, L., Grange, T.*, Geigl, E.-M.*, Pruvost, M.* (2020) Ancient genomes from present-day France unveil 7,000 years of its demographic history. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 117(23):12791-12798, DOI:10.1073/pnas.1918034117.

 

Bennett, E.A., Crevecoeur, I., Viola, B., Derevianko, A.P., Shunkov, M.V., Grange, T., Maureille, B., Geigl, E.-M. (2019) Morphology of the Denisovan phalanx closer to modern humans than to Neandertals. Science Advances, 5:eaaw3950, DOI 10.1126/sciadv.aaw3950, DOI: 10.1126/sciadv.aaw3950

 

Geigl, E.-M., Grange, T. (2018) Ancient DNA: The quest for the best. Mol Ecol Resour. 18:1185–1187. DOI: 10.1111/1755-0998.12931

 

Grange, T., Brugal, J.-P., Flori, L., Gautier, M., Uzunidis, A., and Geigl, E.-M. (2018) The Evolution and Population Diversity of Bison in Pleistocene and Holocene Eurasia: Sex Matters. Diversity 10, 65; doi:10.3390/d10030065

 

Ottoni, C., Van Neer, W., De Cupere, B., Daligault, J., Guimaraes, S., Peters, J., Spassov, N., Prendergast, M.E., Boivin, N., Morales-Muniz, A., Bălăşescu, A., Becker, C., Benecke, N., Boronenanț, A., Buitenhuis, H., Chahoud, J., Crowther, A., Llorente, L., Manaseryan, N., Monchot, H., Onar, V., Osypińska, M., Putelat, O., Studer, J., Wierer, U., Decorte, R., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) The paleogenetics of cat dispersal in the ancient world. Nature Ecology & Evolution 1, 0139. DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-017-0139.

 

Bennett, E.A., Champlot, S., Peters, J., Arbuckle, B.S., Guimaraes, S., Pruvost, M., Bar-David, S., Davis, S.J.M., Gautier, M., Kaczensky, P., Kuehn, R., Mashkour, M., Morales-Muñiz, M., Pucher, E., Tournepiche, J.-F., Uerpmann, H.-P., Bălăşescu, A., Germonpré, M., Y. Günden, C., Hemami, M.-R., Moullé, P.-E., Öztan, A., Uerpmann, M., Walzer, C., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) Taming the Late Quaternary phylogeography of the Eurasiatic wild ass through ancient and modern DNA. Plos one 12(4): e0174216. /doi.org/10.1371/journal.pone.0174216

 

Guimaraes S, Pruvost M, Daligault J, Stoetzel E, Bennett EA, Côté NM, Nicolas V, Lalis A, Denys C, Geigl EM*, Grange T.* (2017) A cost-effective high-throughput metabarcoding approach powerful enough to genotype ~44 000 year-old rodent remains from Northern Africa. Mol Ecol Resour. 17: 405-417. doi: 10.1111/1755-0998.12565

 

Massilani, D., Guimaraes, S., Brugal, J.-P., Bennett, E.A., Tokarska, M., Arbogast, R., Baryshnikov, G., Boeskorov, G., Castel, J.-C., Davydov, S., Madelaine, S., Putelat, O., Spasskaya, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl,E.-M.* (2016) Past climate changes, population dynamics and the origin of Bison in Europe. BMC Biology 14:93-110. DOI 10.1186/s12915-016-0317-7

 

Gorgé O, Bennett EA, Massilani D, Daligault J, Pruvost M, Geigl E.-M., Grange T. (2016) Analysis of Ancient DNA in Microbial Ecology. Methods Mol Biol. 1399:289-315. doi: 10.1007/978-1-4939-3369-3_17.

 

Côté, N.M.L., Daligault, J., Pruvost, M., Bennett, E.A., Gorgé, O., Guimaraes, S., Capelli, N., Le Bailly, M., Geigl*, E.-M., Grange, T.* (2016) A New High-Througput Approach to Genotype Ancient Human Gastrointestinal Parasites.  PLoS One. 2016 11(1):e0146230. doi: 10.1371/journal.pone.0146230. eCollection 2016.

 

Guimaraes, S., Fernandez-Jalvo, Y., Stoetzel, E., Gorgé, O., Bennett, E.A., Denys, C., Grange, T., Geigl, E.-M. (2016) Owl pellets: a wise DNA source for small mammal genetics. Journal of Zoology 298(1):64–74. doi:10.1111/jzo.12285

 

Bennett, E.A., Massilani, D., Lizzo, G., Daligault, J., Geigl, E.-M., Grange, T. (2014) Library construction for ancient genomics: single strand or double strand? Biotechniques 56:289-300. DOI: 10.2144/000114176

Geigl E. M. and Grange T. (2012) Eurasian wild asses in time and space: Morphological versus genetic diversity. Ann Anat. 194:88-102

Geigl, E.M., Grange, T., Maureille, B. : Le génome néandertalien. Encyclopaedia Universalis, « La Science au présent 2011 », p. 133-140

Charruau P, Fernandes C, Orozco-Terwengel P, Peters J, Hunter L, Ziaie H, Jourabchian A, Jowkar H, Schaller G, Ostrowski S, Vercammen P, Grange T, Schlötterer C, Kotze A, Geigl EM, Walzer C, Burger PA. (2011) Phylogeography, genetic structure and population divergence time of cheetahs in Africa and Asia: evidence for long-term geographic isolates. Mol Ecol. (4):706-724

Grange T. and Lourenço E. (2011) Mechanisms of Epigenetic Gene Activation in Disease: Dynamics of DNA Methylation and Demethylation, in Epigenetic Aspects of Chronic Diseases; pp 55-73; Roach H.I., Bronner F. and Oreffo R. O. eds, Springer, London.

Mietton F, Sengupta AK, Molla A, Picchi G, Barral S, Heliot L, Grange T, Wutz A, Dimitrov S. (2009) Weak but uniform enrichment of the histone variant macroH2A1 along the inactive X chromosome. Mol Cell Biol. 29, 150-156

Champlot S., Berthelot C., Pruvost M., Bennett E. A., Grange T. and Geigl E.M. (2010). An Efficient Multistrategy DNA Decontamination Procedure of PCR reagents for Hypersensitive PCR Applications. PLOS One, 5(9): e13042.

Grange T. (2008) Sensitive Detection of mRNA Decay Products Using Reverse-Ligation-Mediated PCR (RL-PCR). In Methods in Enzymology, RNA Turnover in Eukaryotes, Part B, 448, 445-466

Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Grange, T. and Geigl, E.-M.(2008) DNA diagenesis and palaeogenetic analysis: critical assessment and methodological progress. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 266, 211-219.

Miele V., C. Vaillant, Y. d’Aubenton-Carafa, C. Thermes and T. Grange (2008) DNA physical properties determine nucleosome occupancy from yeast to fly. Nucl. Acids Res, 36, 3746-3756

Dugast-Darzacq C., and T. Grange (2008) MethylQuant : a real time PCR based method to quantify methylation at single specific cytosines. In Methods in Molecular Biology, DNA methylation: Methods and protocols, Second edition, J. Tost Ed, Humana Press, 507, 281-303.

Dugast-Darzacq C., T. Grange and N. B. Schreiber-Agus (2007) Differential effects of Mxi1-SR and Mxi1-SR in Myc antagonism. FEBS J. 274, 4643-53.

Pruvost, R. Schwarz, V. Bessa Correia, S. Champlot, S. Braguier, N. Morel, Y. Fernandez-Jalvo, T. Grange and EM Geigl (2007) Freshly excavated fossil bones are best for amplification of ancient DNA M. Proc. Ntl. Acad. Sci. USA, 104, 739-744

Hoogenkamp M, Gaemers IC, Schoneveld OJ, Das AT, Grange T, Lamers WH (2007) Hepatocyte-specific interplay of transcription factors at the far-upstream enhancer of the carbamoylphosphate synthetase gene upon glucocorticoid induction. FEBS J. 274, 37–45

Schalchi L., Grange T., Hänni, C., and Morange M. (2006) Bac to basics: l’ADN. La Recherche, 398, 75-78

Active cytosine demethylation triggered by a transcriptional regulator involves DNA strand breaks. Kress C., Thomassin H., and Grange T., (2006) Proc. Ntl. Acad. Sci. USA 103, 1112-1117.

Grange, T., J. Imbert and D. Thieffry (2005). “Epigenomics: large scale analysis of chromatin modifications and transcription factors/genome interactions.” Bioessays 27(11): 1203-5.
abstract

Flavin, M., L. Cappabianca, C. Kress, H. Thomassin and T. Grange (2004). “Nature of the accessible chromatin at a glucocorticoid-responsive enhancer.” Mol Cell Biol 24(18): 7891-901.
abstract

Thakur, N., V. K. Tiwari, H. Thomassin, R. R. Pandey, M. Kanduri, A. Gondor, T. Grange, R. Ohlsson and C. Kanduri (2004). “An antisense RNA regulates the bidirectional silencing property of the Kcnq1 imprinting control region.” Mol Cell Biol 24(18): 7855-62.
abstract

Thomassin, H., C. Kress and T. Grange (2004). “MethylQuant: a sensitive method for quantifying methylation of specific cytosines within the genome.” Nucleic Acids Res 32(21).
abstract

Pâques F. and T. Grange (2002). Architecture nucléaire et régulation transcriptionnelle chez les eucaryotes supérieurs. Med./Sci 18, 1245-1256.
abstract

Grange, T. (2001). Traduction nucléaire : un garde-fou contre les protéines tronquées ?
Med./Sci. 17, 914-915.
abstract

Grange, T., L. Cappabianca, M. Flavin, H. Sassi and H. Thomassin (2001). “In vivo analysis of the model tyrosine aminotransferase gene reveals multiple sequential steps in glucocorticoid receptor action.” Oncogene 20(24): 3028-38.
abstract

Kress, C., H. Thomassin and T. Grange (2001). “Local DNA demethylation in vertebrates: how could it be performed and targeted’” FEBS Lett 494(3): 135-40.
abstract

Thomassin, H., M. Flavin, M. L. Espinas and T. Grange (2001). “Glucocorticoid-induced DNA demethylation and gene memory during development.” Embo J 20(8): 1974-83.
abstract

Cappabianca, L., H. Thomassin, R. Pictet and T. Grange (1999). “Genomic footprinting using nucleases.” Methods Mol Biol 119: 427-42.
abstract

Christoffels, V. M., H. Sassi, J. M. Ruijter, A. F. Moorman, T. Grange and W. H. Lamers (1999). “A mechanistic model for the development and maintenance of portocentral gradients in gene expression in the liver.” Hepatology 29(4): 1180-92.
abstract

Grange T.  and H. Thomassin (1999). « Comment déméthyler une cytosine? Enlève-t-on un peu, beaucoup, encore plus, ou pas du tout’ » Med./Sci., 15, 907-908.
abstract

Thomassin, H., E. J. Oakeley and T. Grange (1999). “Identification of 5-methylcytosine in complex genomes.” Methods 19(3): 465-75.
abstract

Christoffels, V. M., T. Grange, K. H. Kaestner, T. J. Cole, G. J. Darlington, C. M. Croniger and W. H. Lamers (1998). “Glucocorticoid receptor, C/EBP, HNF3, and protein kinase A coordinately activate the glucocorticoid response unit of the carbamoylphosphate synthetase I gene.” Mol Cell Biol 18(11): 6305-15.
abstract

Sassi, H., R. Pictet and T. Grange (1998). “Glucocorticoids are insufficient for neonatal gene induction in the liver.” Proc Natl Acad Sci U S A 95(10): 5621-5.
abstract

Bertrand, E., D. Castanotto, C. Zhou, C. Carbonnelle, N. S. Lee, P. Good, S. Chatterjee, T. Grange, R. Pictet, D. Kohn, D. Engelke and J. J. Rossi (1997). “The expression cassette determines the functional activity of ribozymes in mammalian cells by controlling their intracellular localization.” Rna 3(1): 75-88.
abstract

Bertrand, E., M. Fromont-Racine, R. Pictet and T. Grange (1997). “Detection of ribozyme cleavage products using reverse ligation-mediated PCR (RL-PCR).” Methods Mol Biol 74: 311-23.
abstract

Couttet, P., M. Fromont-Racine, D. Steel, R. Pictet and T. Grange (1997). “Messenger RNA deadenylylation precedes decapping in mammalian cells.” Proc Natl Acad Sci U S A 94(11): 5628-33.
abstract

Grange T., G. Rigaud, E. Bertrand, M. Fromont-Racine, M.-L. Espinás, J. Roux and R. Pictet (1997). “In vivo footprinting of the interaction of proteins with DNA and RNA.” in In vivo footprinting. Cartwright, I. L. Ed. Advances in Molecular and Cell Biology.  JAI Press, Inc., Greenwich, Conn. 21, 73-109.

Grange, T., E. Bertrand, M. L. Espinas, M. Fromont-Racine, G. Rigaud, J. Roux and R. Pictet (1997). “In vivo footprinting of the interaction of proteins with DNA and RNA.” Methods 11(2): 151-63.
abstract

Espinas, M. L., J. Roux, R. Pictet and T. Grange (1995). “Glucocorticoids and protein kinase A coordinately modulate transcription factor recruitment at a glucocorticoid-responsive unit.” Mol Cell Biol 15(10): 5346-54.
abstract

Roux, J., R. Pictet and T. Grange (1995). “Hepatocyte nuclear factor 3 determines the amplitude of the glucocorticoid response of the rat tyrosine aminotransferase gene.” DNA Cell Biol 14(5): 385-96.
abstract

Sassi, H., M. Fromont-Racine, T. Grange and R. Pictet (1995). “Tissue specificity of a glucocorticoid-dependent enhancer in transgenic mice.” Proc Natl Acad Sci U S A 92(16): 7197-201.
abstract

Bertrand, E., M. Fromont-Racine, R. Pictet and T. Grange (1993). “Visualization of the interaction of a regulatory protein with RNA in vivo.” Proc Natl Acad Sci U S A 90(8): 3496-500.
abstract

Bertrand, E., R. Pictet and T. Grange (1994). “Can hammerhead ribozymes be efficient tools to inactivate gene function?” Nucleic Acids Res 22(3): 293-300.
abstract

Espinas, M. L., J. Roux, J. Ghysdael, R. Pictet and T. Grange (1994). “Participation of Ets transcription factors in the glucocorticoid response of the rat tyrosine aminotransferase gene.” Mol Cell Biol 14(6): 4116-25.
abstract

Schweizer-Groyer, G., A. Groyer, F. Cadepond, T. Grange, E. E. Baulieu and R. Pictet (1994). “Expression from the tyrosine aminotransferase promoter (nt -350 to 1) is liver-specific and dependent on the binding of both liver-enriched and ubiquitous trans-acting factors.” Nucleic Acids Res 22(9): 1583-92.
abstract

Fromont-Racine, M., E. Bertrand, R. Pictet and T. Grange (1993). “A highly sensitive method for mapping the 5′ termini of mRNAs.” Nucleic Acids Res 21(7): 1683-4.
abstract

Bertrand E., T. Grange and R. Pictet (1992). “Trans-acting hammerhead ribozymes in vivo: present limits and future directions.” in Gene regulation by antisense RNA and DNA.  pp 71-81. R.P. Erickson & J. Izart Eds. Keistone Symposia series on Molecular and Cellular Biology. Raven Press, Ltd., New York.

Schweizer-Groyer, G., A. Groyer, F. Cadepond, T. Grange, E. E. Baulieu and R. Pictet (1992). “Two liver-enriched trans-acting factors support the tissue-specific basal transcription from the rat tyrosine aminotransferase promoter.” J Steroid Biochem Mol Biol 41(3-8): 747-52.
abstract

Grange, T., J. Roux, G. Rigaud and R. Pictet (1991). “Cell-type specific activity of two glucocorticoid responsive units of rat tyrosine aminotransferase gene is associated with multiple binding sites for C/EBP and a novel liver-specific nuclear factor.” Nucleic Acids Res 19(1): 131-9.
abstract

Rigaud, G., T. Grange and R. Pictet (1991). “Sequenase should be used instead of the Klenow fragment for the synthesis of oligonucleotides labeled to a high specific activity.” Nucleic Acids Res 19(17): 4777.
abstract

Rigaud, G., J. Roux, R. Pictet and T. Grange (1991). “In vivo footprinting of rat TAT gene: dynamic interplay between the glucocorticoid receptor and a liver-specific factor.” Cell 67(5): 977-86.
abstract

Grange, T., J. Roux, M. Fromont-Racine and R. Pictet (1989). “Positive and negative regulation of a transfected chimeric tyrosine aminotransferase gene: effect of copy number.” Exp Cell Res 180(1): 220-33.
abstract

Grange, T., J. Roux, G. Rigaud and R. Pictet (1989). “Two remote glucocorticoid responsive units interact cooperatively to promote glucocorticoid induction of rat tyrosine aminotransferase gene expression.” Nucleic Acids Res 17(21): 8695-709.
abstract

Oddos, J., T. Grange, K. D. Carr, B. Matthews, J. Roux, H. Richard-Foy and R. Pictet (1989). “Nucleotide sequence of 10 kilobases of rat tyrosine aminotransferase gene 5′ flanking region.” Nucleic Acids Res 17(21): 8877-8.
abstract

Grange, T., C. M. de Sa, J. Oddos and R. Pictet (1987). “Human mRNA polyadenylate binding protein: evolutionary conservation of a nucleic acid binding motif.” Nucleic Acids Res 15(12): 4771-87.
abstract

Rigaud, G., T. Grange and R. Pictet (1987). “The use of NaOH as transfer solution of DNA onto nylon membrane decreases the hybridization efficiency.” Nucleic Acids Res 15(2): 857.
abstract

Grange, T., M. Bouloy and M. Girard (1985). “Stable secondary structures at the 3′-end of the genome of yellow fever virus (17 D vaccine strain).” FEBS Lett 188(1): 159-63.
abstract

Grange, T., C. Guenet, J. B. Dietrich, S. Chasserot, M. Fromont, N. Befort, J. Jami, G. Beck and R. Pictet (1985). “Complete complementary DNA of rat tyrosine aminotransferase messenger RNA. Deduction of the primary structure of the enzyme.” J Mol Biol 184(2): 347-50.
abstract

Grange, T., F. Kunst, J. Thillet, B. Ribadeau-Dumas, S. Mousseron, A. Hung, J. Jami and R. Pictet (1984). “Expression of the mouse dihydrofolate reductase cDNA in B. subtilis: a system to select mutant cDNAs coding for methotrexate resistant enzymes.” Nucleic Acids Res 12(8): 3585-601.
abstract

PUBLICATIONS EVA-MARIA GEIGL

Geigl, E.-M. (2021) PCR et paléogénétique : pour le meilleur et pour le pire. PCR and paleogenetics: for best and for worst. Bulletin de l’Académie Nationale de Médecine, 205 (4) :389-395.

 

Leib-Mösch, C., Barton, D., Geigl, E.-M., Brack-Werner, R., Erfle, V., Hehlmann, R., Francke, U.: Two RFLPs associated with the human endogenous retroviral element S71 on chromosome 18q21. Nucl. Acid. Res 17 (6):2367, 1988

 

Hagen, U., Bertram, H., Geigl, E.-M., Kohfeldt, E., Wendel, S.: Radiation-induced clustered damage in DNA. Free Rad. Res. Comm. 6:177-178, 1989

 

Geigl, E.-M., Eckardt-Schupp, F. (1990) Chromosome-specific identification and quantification of S1 nuclease-sensitive sites in yeast chromatin by pulsed field gel electrophoresis. Molecular Microbiology 4(5):801-810.

 

Geigl, E.-M., Eckardt-Schupp, F. (1991) The repair of DNA double-strand breaks and S1 nuclease-sensitive sites can be monitored chromosome-specifically in Saccharomyces cerevisiae using pulsed-field gel electrophoresis. Molecular Microbiology, 5(7):1615-1620.

 

Geigl, E.-M., Eckardt-Schupp, F. (1991) Repair of gamma ray-induced S1 nuclease hypersensitive sites in yeast depends on homologous mitotic recombination and a RAD18-dependent function. Curr. Genet. 20:33-37.

 

Leib-Mösch, C., Haltmeier, M., Werner, T., Geigl, E.-M., Brack-Werner, R., Francke, U., Erfle, V., Hehlmann, R. (1993) Genomic distribution and transcription of solitary HERV-K LTRs. Genomics 18:261-269,

 

Francke, U., Chang, E., Comeau, K., Geigl, E.-M., Giacalone, J., Li, X., Luna, J., Moon, A., Welch, S., Wilgenbus, P. (auteurs listés par ordre alphabétique) (1994) A radiation hybrid map of human chromosome 18. Cytogenet Cell Genet 66:196-213,

 

De Sario, A., Geigl, E.-M., Bernardi, G. (1995) A rapid procedure for the compositional analysis of yeast artificial chromosomes. Nucleic Acids Res. 23(19):4013-4014,

 

De Sario, A., Geigl, E.-M., Palmieri, G., D’Urso, M., Bernardi, G. (J’ai co-encadré l’étudiante en these A. DeSario)A compositional map of human chromosome band Xq28. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:1298-1302, 1996

 

Geigl, E.-M.: “Inadequate Use of Molecular Hybridization to Analyze DNA in Neanderthal Fossils”. Am. J. Hum. Genetics 68:287-290, 2001 ; S0002-9297(07)62499-9/10.1086/316948

 

Geigl, E.-M. : On the Circumstances Surrounding the Preservation and Analysis of Very Old DNA. Archaeometry 44 (3) :337-342, 2002

 

Geigl, E.-M., Baumer, U., and Koller, J.: New Appproaches to the study of the preservation of biopolymers in fossil bones. Environ. Chem. Letters 2(1) :45-48, 2004

 

Pruvost, M. and Geigl, E.-M. : Real-time Quantitative PCR to Assess the Authenticity of Ancient DNA, Journal of Archaeological Science31(9):1191-1197, 2004

 

Geigl, E.-M. and Pruvost, M. : Plea for a multidisciplinary approach to the study of Neolithic migrations : the analysis of biological witnesses and the input of palaeogenetics. In « Colonisation,, Migration, and Marginal Areas. A Zooarchaeological Approach. » M. Mondini, S. Munoz and S. Wickler (eds), Oxbow Books, p. 10-19, 2004.

 

Geigl, E.-M. : Why ancient DNA research needs taphonomy. In « Biosphere to Lithosphere: new studies in vertebrate taphonomy » T.O’Connor (ed.), Oxbow Books., p. 79-86, 2005.

 

Geigl, E.-M.A personal analysis of the high failure rate of ancient DNA research. Geoarchaeological and Bioarchaeological Studies, Volume 3, p. 463-466, 2005.

 

Pruvost, M., Grange, T., and Geigl, E.-M.: Minimizing DNA-contamination by using UNG-coupled quantitative real-time PCR (UQPCR) on degraded DNA samples: application to ancient DNA studies. Biotechniques 38 :569-575, 2005; DOI 05384ST03

 

Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Braguier, S., Morel, N., Fernandez-Jalvo, Y., Grange, T. and Geigl, E.-M.: Freshly excavated fossil bones are best for ancient DNA amplification. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (3): 739-744, 2007 ; DOI 0610257104/ 10.1073/pnas.0610257104

 

Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Grange, T. and Geigl, E.-MDNA diagenesis and palaeogenetic analysis: critical assessment and methodological progress. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 266 (3-4) : 211-219, 2008doi:10.1016/j.palaeo.2008.03.041

 

Geigl, E.-M. : Palaeogenetics of cattle domestication : Methodological challenge for the study of fossil bones preserved in the domestication center in Southwest Asia. Comptes Rendus Palévol 7(2-3): 99-112, 2008

 

Fernandez-Jalvo, Y., Andrews, P., Pesquero, D., Smith, C., Marin-Monfort, D., Sanchez, B., Geigl, E.-M., Alonso, A. Early bone diagenesis in temperate environments. Part I: Surface features and histology. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 288:62-81, 2010

 

Champlot, S., Berthelot,C., Pruvost, M., Bennett, E.A., Grange, T., Geigl, E.-M. (2010) An Efficient Multistrategy DNA Decontamination Procedure of PCR reagents for Hypersensitive PCR Applications. PLoS ONE 5(9):e13042,. DOI 10.1371/journal.pone.0013042

 

Charruau, P., Fernandes, C., Orozco-Ter Wengel, P. Peters, J., Hunter, L., Ziaie, H., Jourabchian, A., Jowkar, H., Schaller, G., Ostrowski, S., Vercammen, P., Grange, T., Schlötterer, C., Kotze, A. Geigl, E.-M., Walzer, C., Burger, P.A. Phylogeography, genetic structure and population divergence time of cheetahs in Africa and Asia: evidence for long-term geographic isolation. Mol. Ecol. 20(4):706-24, 2010. doi: 10.1111/j.1365-294X.2010.04986

 

Geigl, E.-M. and Grange, T. (2012) Eurasian wild asses in time and space: morphological versus genetic diversity. Annals of Anatomy. 194:88-102,. doi:10.1016/j.aanat.2011.06.002

 

Bennett, E.A., Massilani, D., Lizzo, G., Daligault, J., Geigl, E.-M., Grange, T. (2014) Library construction for ancient genomics: single strand or double strand? Biotechniques 56:289-300. DOI: 10.2144/000114176

 

Nores, C., Morales-Muniz, A., Llorente Rodriguez, L., Bennett, E.A., Geigl, E.-M. (2015) The Iberian zebro: what kind of beast was it? Anthropozoologica 50(1):21-32.

 

Guimaraes, S., Fernandez-Jalvo, Y., Stoetzel, E., Gorgé, O., Bennett, E.A., Denys, C., Grange, T., Geigl, E.-M. (2016) Owl pellets: a wise DNA source for small mammal genetics. Journal of Zoology 298(1):64–74. doi:10.1111/jzo.12285

 

Côté, N.M.L., Daligault, J., Pruvost, M., Bennett, E.A., Gorgé, O., Guimaraes, S., Capelli, N., Le Bailly, M., Geigl*, E.-M., Grange, T.* (2016) A New High-Througput Approach to Genotype Ancient Human Gastrointestinal Parasites.  PLoS One. 2016 11(1):e0146230. doi: 10.1371/journal.pone.0146230. eCollection 2016.

 

Gorgé O, Bennett EA, Massilani D, Daligault J, Pruvost M, Geigl EM, Grange T. (2016) Analysis of Ancient DNA in Microbial Ecology. Methods Mol Biol. 1399:289-315. doi: 10.1007/978-1-4939-3369-3_17.

 

Guimaraes S, Pruvost M, Daligault J, Stoetzel E, Bennett EA, Côté NM, Nicolas V, Lalis A, Denys C, Geigl EM*, Grange T.* (2017) A cost-effective high-throughput metabarcoding approach powerful enough to genotype ~44 000 year-old rodent remains from Northern Africa. Mol Ecol Resour. 17: 405-417. doi: 10.1111/1755-0998.12565

 

Massilani, D., Guimaraes, S., Brugal, J.-P., Bennett, E.A., Tokarska, M., Arbogast, R., Baryshnikov, G., Boeskorov, G., Castel, J.-C., Davydov, S., Madelaine, S., Putelat, O., Spasskaya, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl,E.-M.* (2016) Past climate changes, population dynamics and the origin of Bison in Europe. BMC Biology 14:93-110. DOI 10.1186/s12915-016-0317-7

 

Bennett, E.A., Champlot, S., Peters, J., Arbuckle, B.S., Guimaraes, S., Pruvost, M., Bar-David, S., Davis, S.J.M., Gautier, M., Kaczensky, P., Kuehn, R., Mashkour, M., Morales-Muñiz, M., Pucher, E., Tournepiche, J.-F., Uerpmann, H.-P., Bălăşescu, A., Germonpré, M., Y. Günden, C., Hemami, M.-R., Moullé, P.-E., Öztan, A., Uerpmann, M., Walzer, C., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) Taming the Late Quaternary phylogeography of the Eurasiatic wild ass through ancient and modern DNA. Plos one 12(4): e0174216. /doi.org/10.1371/journal.pone.0174216

 

Ottoni, C., Van Neer, W., De Cupere, B., Daligault, J., Guimaraes, S., Peters, J., Spassov, N., Prendergast, M.E., Boivin, N., Morales-Muniz, A., Bălăşescu, A., Becker, C., Benecke, N., Boronenanț, A., Buitenhuis, H., Chahoud, J., Crowther, A., Llorente, L., Manaseryan, N., Monchot, H., Onar, V., Osypińska, M., Putelat, O., Studer, J., Wierer, U., Decorte, R., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) The paleogenetics of cat dispersal in the ancient world. Nature Ecology & Evolution 1, 0139. DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-017-0139.

 

Grange, T., Brugal, J.-P., Flori, L., Gautier, M., Uzunidis, A., and Geigl, E.-M. (2018) The Evolution and Population Diversity of Bison in Pleistocene and Holocene Eurasia: Sex Matters. Diversity 10, 65; doi:10.3390/d10030065

 

Geigl, E.-M., Grange, T. (2018) Ancient DNA: The quest for the best. Mol Ecol Resour. 18:1185–1187. DOI: 10.1111/1755-0998.12931

 

Bennett, E.A., Crevecoeur, I., Viola, B., Derevianko, A.P., Shunkov, M.V., Grange, T., Maureille, B., Geigl, E.-M. (2019) Morphology of the Denisovan phalanx closer to modern humans than to Neandertals. Science Advances, 5:eaaw3950, DOI 10.1126/sciadv.aaw3950, DOI: 10.1126/sciadv.aaw3950

 

Stoetzel, E., Lalis, A., Nicolas, V., Aulagnier,S., Benazzou, T., Dauphin, Y., Abdeljalil El Hajraoui, M., El Hassani, A., Fahd, S., Fekhaoui, M., Geigl, E.-M., Lapointe, F.-J., Leblois, R., Ohler, A., Nespoulet, R., Denys, C.. Quaternary terrestrial microvertebrates from mediterranean northwestern Africa: State-of-the-art focused on recent multidisciplinary studies (2019) Quaternary Science Reviews 224: 105966. DOI: 10.1016/j.quascirev.2019.105966

 

Brunel, S., Bennett, E.A., Cardin, L., Garraud, D., Barrand Emam, H., Beylier, A., Boulestin, B., Chenal, F., Cieselski, E., Convertini, F., Dedet, B., Desenne, S., Dubouloz, J., Duday, H., Fabre, V., Gailledrat, E., Gandelin, M., Gleize, Y., Goepfert, S., Guilaine, J., Hachem, L., Ilett, M., Lambach, F., Mazière, F., Perrin, B., Plouin, S., Pinard, E., Praud, I., Richard, I., Riquier, V., Roure, R., Sendra, B., Thevenet, C., Thiol, S., Vauquelin, E., Vergnaud, L., Grange, T.*, Geigl, E.-M.*, Pruvost, M.* (2020) Ancient genomes from present-day France unveil 7,000 years of its demographic history. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 117(23):12791-12798, DOI:10.1073/pnas.1918034117.

 

Guimaraes, S., Arbuckle, B., Peters, J., Adcock, S., Buitenhuis, H., Chavin, H., Manaseryan, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2020) Ancient DNA shows domestic horses were introduced in the southern Caucasus and Anatolia during the Bronze Age. Science Advances, 6: eabb0030, DOI: 10.1126/sciadv.abb0030

 

Geigl, E.-M. (2021) PCR et paléogénétique : pour le meilleur et pour le pire. Bulletin de l’Académie Nationale de Médecine.

 

CHAPITRES DANS DES OUVRAGES

Eckardt-Schupp, F., Geigl, E.-M., Ahne, F., Siede, W.: Is mismatch repair involved in UV-inducible mutagenesis in yeast?  in: DNA Replication and Mutagenesis. (Eds.: R.E. Moses, W.C. Summers). Washington: ASM, 355-361, 1988

 

Leib-Mösch, C., Bachmann, M., Geigl, E.-M., Brack-Werner, R., Werner, T., Erfle, V., Hehlmann, R.: Expression of S71-related sequences in human cells. Haematol. and Blood Transfusion Vol. 35, p. 256-259 in Modern Trends in Human Leukemia IX, R. Neth et al. (Eds.), Springer Verlag Berlin Heidelberg 1992

 

Geigl, E.-M. and Pruvost, M. : Plea for a multidisciplinary approach to the study of Neolithic migrations : the analysis of biological witnesses and the input of palaeogenetics. In « Colonisation,, Migration, and Marginal Areas. A Zooarchaeological Approach. » M. Mondini, S. Munoz and S. Wickler (eds), Oxbow Books, p. 10-19, 2004.

 

Geigl, E.-M. : Why ancient DNA research needs taphonomy. In « Biosphere to Lithosphere: new studies in vertebrate taphonomy » T.O’Connor (ed.), Oxbow Books., p. 79-86, 2005.

 

Geigl, E.-M.: The domestication of cattle: Insights from a joint archaeozoological-palaeogenetical venture. In “Between Sand and Sea. The Archaeology and Human Ecology of Southwestern Asia”. N.J. Conard, P. Drechsler and A. Morales (eds.), Kerns Verlag Tübingen, p. 69-90, 2011.

 

Geigl, E.-M. Lima de Guimaraes, S., Liesau, C. Palaeogenetic analysis of bovine remains from Camino de las Yeseras and Humanejos. In “Yacimientos Calcoliticos con campaniforme de la region de Madrid: nuevos estudios ». Blasco, C., Liesau, C., and Rios, P. (eds.). Universidad Autonoma de Madrid, Madrid, p. 199-210, 2011.

 

Geigl, E.-M., Champlot, S., de Lima Guimaraes, S., Bennett, E.A., Grange, T. (2013) Molecular Taphonomy of Spy: DNA Preservation in Bone Remains. In Rougier, H. & Semal, P., (eds.) Spy cave. 125 years of multidisciplinary research at the Betche aux Rotches (Jemeppe-sur-Sambre, Province of Namur, Belgium), Volume 1. Anthropologica et Præhistorica, 123/2012. Brussels, Royal Belgian Institute of Natural Sciences, Royal Belgian Society of Anthropology and Praehistory & NESPOS Society, pp. 371-380.

 

Bennett, E.A., Cardin, L., Geigl, E.-M. (2013) Etude paléogénétique des momies d’Antinoé conservées au Musée des Beaux Arts de Lille. In « Les momies d’Antinoé ». Lintz, Y., Coudert, M. (eds.), p. 99-102

 

Geigl, E.-M., and Grange, T. Taphonomie de l’ADN ancien. (2014) In « Manuel de Taphonomie ». C. Denys et M. Patou-Mathis (eds), Editions errance, Collection archéologiques, p. 147-164.

 

Geigl, E.M. (2015) La paléogénétique et paléogénomique. In “Messages d’os”. M. Balasse, J.-P. Brugal, Y. Dauphin, E.-M. Geigl, C. Oberlin, I. Reiche (eds), Editions des Archives contemporaines, p. 429-431

 

Geigl, E.M. and Grange, T. (2015) Les stratégies et enjeux de l’analyse de l’ADN ancien. In “Messages d’os”. M. Balasse, J.-P. Brugal, Y. Dauphin, E.-M. Geigl, C. Oberlin, I. Reiche (eds), Editions des Archives contemporaines, p. 433-452

 

Pruvost,M. and Geigl, E.-M. (2015) « Apport de la paléogénétique à l’étude des processus de domestication animale . In “Messages d’os”. M. Balasse, J.-P. Brugal, Y. Dauphin, E.-M. Geigl, C. Oberlin, I. Reiche (eds), Editions des Archives contemporaines, p. 469-485

 

Geigl, E.M. and Grange, T. (2015) Le génome des lignées humaines archaïques. In “Messages d’os”. M. Balasse, J.-P. Brugal, Y. Dauphin, E.-M. Geigl, C. Oberlin, I. Reiche (eds), Editions des Archives contemporaines, p. 501-520

 

Eva-Maria Geigl, Shirli Bar-David, Albano Beja-Pereira, E. Gus Cothran, Elena Giulotto, Halszka Hrabar, Tsendsuren Oyunsuren, Mélanie Pruvost (2016): Genetics of wild equids. In “Wild Equids: Ecology, Conservation, and Management”, J. Ransom and P. Kazcensky (eds), p. 87-104

 

Geigl, E.-M., Guimaraes, S., Stoetzel, E., Fernandez-Jalvo, Y., Nespoulet, R., Denys, C., Grange, T. (2016) Analyse de la préservation de l’ADN dans les ossements des rongeurs de Témara, Maroc, en remontant dans le temps. In «Approche intégrative de la 6ème extinction : influence de l’installation des hommes modernes au Maroc sur l’évolution de la biodiversité des petits vertébrés terrestres ». Travaux de l’institut Scientifique de l’université Mohammed V de Rabat, Série générale, N° 8, 43-51

 

Geigl, E.-M., Bennett, E.A., Grange, T. (2016) Analyse de la degradation de l’ADN dans une phalange de la Dame du Cavillon. In “La grotte du Cavillon”. H. de Lumley (ed), CNRS Editions, p. 969-975.

 

Bennett, E. A., Gorgé, O., Grange, T., Fernández-Jalvo, Y. and Geigl, E.-M. (2016) Coprolites, Paleogenomics and Bone Content Analysis. In « Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor». Yolanda Fernández-Jalvo, Tania King, Levon Yepiskoposyan, and Peter Andrews (eds), Springer, Vertebrate Paleobiology and Paleoanthropology Series, E. Delson and E.J. Sargis (eds), p. 271-286 DOI 10.1007/978-3-319-24924-7 (peer reviewed article)

 

Geigl, E.-M. & Grange, T. (2018) Of Cats and Men: Ancient DNA Reveals How the Cat Conquered the Ancient World. Charlotte Lindqvist and Om P. Rajora (eds.), Paleogenomics, Population Genomics [Om P. Rajora (Editor-in-Chief)], Springer International Publishing AG, part of Springer Nature 2018. DOI https://doi.org/10.1007/13836_2018_26 (peer reviewed article)

 

Geigl, E.-M. & Grange, T. (2019) Using palaeogenetics to unravel the impact of humans on animal populations in the past. In Animals: Cultural Identifiers in Ancient Societies? J. Peters, G. McGlynn & V. Goebel (eds)., Verlag Marie Leidorf (VML) GmbH, Rahden/Westf.  p.131-137

 

Brunel, S., Bennett, E.A., Grange, T., Geigl, E.M., Pruvost, M. (2019) Etude paléogénomique des ossements du dolmen de Saint-Eugène. In Le dolmen de Saint-Eugène : autopsie d’une sépulture collective néolithique. Jean Guilaine., 1 vol., Archives d’écologie préhistorique, Toulouse, France. pp.339-345, 2020, 9782358420266 (pp. 405)

 

PUBLICATIONS DE VULGARISATION DE LA RECHERCHE

1       Geigl, E.-M.L’émergence de la paléogénétique. Biofutur 164:28-34, 1997

3       Geigl, E.-M., Grange, T., Maureille, B. : Le génome néandertalien. Encyclopaedia Universalis, « La Science au présent 2011 », p. 133-140

4       Geigl, E.-M. : Le métier du paléogénéticien. Archéothéma, Hors-série « Les métiers de l’archéologie » 2012, p. 58-59

5       « Mondes polaires – Hommes et biodiversités, des défis pour la science » (2012) R. Chenorkian, M. Raccurt (eds), Cherche-Midi

6       Geigl, E.-M. (2012) Les relations entre les humains et les animaux à la lumière de la génétique.  L’archéologie au laboratoire. Coédition INRAP, Cité des Sciences et de l’Industrie Paris et éditions « La Découverte », p.61-74

7       Geigl, E.-M., Grange, T. (2013) Du potentiel mais des défis méthodologiques à relever. Biofutur 349, 24-27.

8       Geigl, E.-M. (2013) Conserver ou ressusciter les espèces en voie de disparition ? Biofutur 34, 32-34.

9       Pruvost, M., Massilani, D., Geigl, E.-M. (2013) La domestication retracée par l’ADN ancien. Biofutur 349, 36-39.

10     Geigl, E.-M. (2013) Quand étudier le génome des lignées humaines éteintes devient possible. Biofutur 349, 45-49.

11     Geigl, E.-M. (2015) L’apport de la paléogénétique et paléogénomique à l’archéologie. Nouvelles d’Archéologie 138, 10-14.

12     Geigl, E.-M., Bennett, E.A., Grange, T. (2015) Tracing the origin of our species through paleogenomics. BIO Web of Conferences 4, 00005 (2015) DOI: 10.1051/bioconf/20150400005. Owned by the authors, published by EDP Sciences, 2015

13     Geigl, E.-M. and Grange, T. (2016) La paléogénomique, pour une lecture du passé au présent. « L’empreinte du vivant » D. Joly, D. Faure, S. Salamitou (eds)., Editions Cherche Midi, p.151-165.

14     Geigl, E.-M. et Grange, T. (2017) Biodiversité passée et paléogénomique. « Les Big Data à Découvert », Bouzeghoub, M. et Mosseri, R. (eds), CNRS Editions, p. 228 – 229

15     Geigl, E.-M. et Grange, T. (2017) How cats conquered the Ancient world: a 9,000-years DNA tale. The Science Breaker. doi.org/10.25250/thescbr.brk062

16     Geigl, E.-M. (2017) Le peuplement de l’Europe vu par la paléogénomique. In « L’archéologie des migrations », Garcia D. and Le Bras, H. (eds.), La Découverte, Inrap, p. 67 – 80.

17     Geigl, E.-M. et Grange, T. (2017) « Comment le chat a conquis le monde ». Dans « De la Préhistoire à nos jours : Le Chat – Comment il a conquis le monde » Historia, Décembre 2017.

18     Grange, T. et Geigl, E.-M. (2018) « Grâce à la domestication, le chat a gagné le monde ». La Recherche, 531 :65-68

19     Geigl, E.-M. (2018)  L’évolution des mammouths vue par la paléogénomique.  In : Mémoire de Mammouth (244 p): [Exposition Musée national de Préhistoire – Les Eyzies de Tayac 29 juin – 12 novembre 2018] / Commissariat de l’exposition : Catherine Cretin, Stéphane Madelaine. Comité scientifique : Gennady Boeskorov, Peggy Bonnet-Jacquement, Jean-Jacques Cleyet-Merle, Philippe Fosse, Frédéric Plassard. Les Eyzies-de-Tayac, Musée national de Préhistoire. p. 31-34

20     Geigl, E.-M. (2018) La paléogénétique en tant qu’approche archéométrique au cours des 30 dernières années – Paleogenetics as Archeometrical approach over the last 30 years. ArcheoSciences, revue d’archéométrie, 42(1) : 95-104.

21     Grange, T. et Geigl, E.-M. (2019) « Grâce à la domestication, le chat a gagné le monde ». La Recherche – Les Essentiels, n° 30, p. 82-85

22     Geigl, E.-M. & Grange, T. (2019) Changements climatiques : 150 000 ans d’évolution des populations de bisons en Europe. In « 101 sécrets de l’ADN », Faure, D., Joly, D. Salamitou, S. (eds). Editions CNRS, p. 264-266.

23     Geigl, E.-M. (13/01/2020) « Une petite phalange réécrit l’histoire évolutive des humains », The Conversation https://theconversation.com/une-petite-phalange-reecrit-lhistoire-evolutive-des-humains-123156

24     Geigl, E.-M. (2020) « Le Peuplement de la France à la Protohistoire grâce à la paléogénomique ». Archéologia n° 589, 16-17.

25     Geigl, E.-M. (2020) “Qui a habité en France ces 9 000 dernières années ? » The Conversation https://theconversation.com/qui-a-habite-en-france-ces-9-000-dernieres-annees-139769

Thèses de l’équipe depuis 2010:

  • Sophie Champlot : « Colonisation et domestication de l’Europe et du pourtour méditerranéen », Ecole Doctorale « Gènes, Génomes et Cellules », soutenue le 13/7/2010.
  • Nathalie Côté : « Apports de la paléogénétique à l’étude des helminthes garstro-interstinaux anciens». Soutenance de thèse le 16/12/2015 .
  • Olivier Gorgé : «Diagénèse de l’ADN bactérien et analyses métagénomiques de pathologies bactériennes du passé ». Soutenance de thèse le 13/12/2016.
  • Diyendo Massilani : « Paléogénomique des Bovina et de leur domestication ». Soutenance de thèse le 6/7/ 2016.
  • Samantha Brunel : « Analyse paléogénétique du peuplement de la France ». Soutenance de thèse le 14/11/2018.
  • Wejden Bendhafer : « Paléogénomique de l’évolution des Bovina et l’impact sur la domestication des bovins». Soutenance de thèse le 20/12/2021.
  • Oguzhan Parasayan : « Genomic evolution of of ancient French populations » ; en cours depuis Décembre 2018
  • Jeanne Mattei : « Paléogénomique de la domestication des chats » ; en cours depuis Octobre 2019
  • Caitlin Martin : « The evolution of and selection upon the human genome since the invention of agriculture: a historical perspective on diseases”; en cours depuis Octobre 2020

Collaborations scientifiques avec plus de 60 chercheurs nationaux et internationaux de 20 pays, surtout des archéologues, archéozoologues, paléoanthropologues

Financements de l’équipe depuis 2010 :

2021-2024           Projet européen WIDESPREAD-05-2020 – Twinning: « Mapping The Neolithic Expansion In The Mediterranean: A Scientific Collective To Promote Archaeogenomics And Evolutionary Biology Research In Turkey” (H2020-WIDESPREAD-2020-5; CSA 952317; NEOMATRIX

2018-2021           “Paléogénomique de la domestication des bovins pour enrichir les stratégies durables de sélection (PATH2BOS) », ANR, coordinateur : Thierry Grange

2016-2021           “ Etude Génétique de la population Française (FROGH)“, ANR, coordinateur : Christian Dina, Institut du Thorax, UMR 1087/ UMR 6291, Nantes. Equipe « Epigénome & Paléogénome » :  « Paléogénomique de la population médiévale de l’Ouest de la France ».

2015-2019           “Genetic characterization of Ancestral French populations using ancient DNA (ANCESTRA)” ANR JCJC – ANR-15-CE27-0001; Coordinatrice: Mélanie Pruvost, Institut Jacques Monod, Paris.

2014-2016           “The origins of Equid domestication”, National Science Foundation (NSF) Prime Award N° BCS-1311551; Coordinateur: Benjamin Arbuckle, University of Chapel Hill, North Carolina, USA. « Epigénome & Paléogénome » :  “Paleogenetics of the domestication of horses in Anatolia and the Caucasus”

2010-2014           “Influence de l’installation des hommes modernes au Maroc sur l’évolution de la biodiversité des petits vertébrés terrestres (MOHMIE)“ ; Agence Nationale de Recherche (ANR) n° 2009 PEXT 004 05; Coordinatrice : C. Denys, Muséum National d’Histoire Naturelle. « Epigénome & Paléogénome » :  “Paléogénétique des rongeurs au cours des derniers 120,000 ans”

A new study by the Grange/Geigl team published in Science Advances on 14 January 2022!

  • Before the introduction of the domestic horse in Mesopotamia, valuable equids were being harnessed to ceremonial or military four wheeled wagons and used as royal gifts, but their true nature remained unknown.
  • According to a palaeogenetic study, these prestigious animals were the result of a cross between a domestic donkey and a wild ass from Syria, now extinct.
  • This makes them the oldest example of an animal hybrid produced by humans.

> CNRS Press release

 

Communications de notre recherche par le CNRS :

https://archives.cnrs.fr/insb/article/2016/e-m-geigl

https://inee.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/ladn-ancien-au-secours-despeces-en-voie-de-disparition-retracer-leur-evolution-pour-mieux

https://lejournal.cnrs.fr/articles/comment-le-chat-a-conquis-le-monde

https://www.cnrs.fr/fr/un-nouveau-morceau-de-phalange-rapproche-plus-les-denisoviens-des-humains-modernes-que-des

https://www.cnrs.fr/fr/7-000-ans-dhistoire-demographique-en-france

https://insb.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/ladn-ancien-montre-que-les-chevaux-domestiques-ont-ete-introduits-au-sud-du-caucase-et-en

https://www.cnrs.fr/fr/avant-les-chevaux-des-hybrides-danes-produits-pour-faire-la-guerre