Mitochondries, métaux et stress oxydatif

Jean-Michel CAMADRO

L’étude des voies d’assimilation du fer et de son métabolisme intracellulaire chez un organisme modèle, la levure Saccharomyces cerevisiae, permet d’aborder des problèmes de biologie fondamentaux tout en envisageant des applications de ces recherches dans les domaines de la thérapeutique ou de la compréhension des bases moléculaires de pathologies humaines.

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Le fer est un oligo-élément essentiel pour toutes les cellules vivantes, mais l’excès ou le défaut d’apport en fer sont tous deux nocifs pour la cellule. L’homéostasie du fer est donc étroitement régulée dans la plupart, sinon la totalité, des systèmes vivants. Chez l’homme, les maladies liées à des anomalies de l’homéostasie du fer peuvent résulter soit de facteurs environnementaux, soit de certaines anomalies génétiques.

Le fer est le centre redox des hèmes et des centres fer-soufre, cofacteurs essentiels dans de nombreuses fonctions cellulaires, dont la production d’énergie et le métabolisme de l’oxygène. Un apport approprié en fer est donc obligatoire pour assurer une croissance et une survie normales des cellules. Cependant, en raison de sa réactivité chimique, le fer peut être toxique pour la cellule, et paradoxalement, la carence en fer et la surcharge en fer ont été associées à une production accrue d’espèces réactives de l’oxygène nuisibles (ROS).

Nous étudions plusieurs aspects du métabolisme du fer : son transport à travers la membrane plasmique et son utilisation dans les mitochondries, le contrôle de l’expression des gènes codant les composants des machines du métabolisme du fer dans différents systèmes modèles eucaryotes. Cela nous conduit à étudier en parallèle le contrôle des réponses thiol-dépendantes au stress oxydatif, une condition souvent associée aux altérations de l’homéostasie du fer.

Nos objets d’étude sont :

–              des cellules humaines, pour mieux comprendre les bases moléculaires d’une maladie neurodégénérative fatale, l’ataxie de Friedreich

–              des levures, S. cerevisiae comme système modèle, et C. albicans pour mieux comprendre le rôle du fer comme facteur de virulence

–              des micro algues marines pour mieux comprendre les mécanismes d’adaptation du phytoplancton aux changements environnementaux majeurs : hausse de la température, augmentation du CO2, changement du pH du milieu marin.

Nous développons une méthode originale et très innovante de marquage métabolique (SLIM-Labeling) des différents types cellulaires que nous étudions pour analyser les variations quantitative d’abondance des protéines en réponse à différent stress biologiques. Nous appliquons en particulier cette nouvelle approcha à l’étude des bases moléculaires de la transition levure/hyphe et au contrôle épigénétique de cette transition.

Les approches de biologie computationnelles sont indispensables pour l’étude des jeux de données de grande dimension que nous produisons (transcriptomique, protéomique quantitative, phénomique), et nous contribuons activement à la production de nouveaux outils bioinformatiques « open source » et donc utilisables par la communauté scientifique.

 

Projet de recherche #1 (Valérie Serre)

L’ataxie de Friedreich (AF) est une maladie neurodégénérative héréditaire, due à une répétition GAA instable située dans l’intron 1 du gène FXN (9q21.11) codant pour la frataxine. Cette protéine liant le fer joue un rôle dans la biogenèse de clusters fer-soufre et le transport du fer dans la mitochondrie. Un déficit en cette protéine mitochondriale conduit à la perturbation progressive des systèmes nerveux central et périphérique observée dans l’AF. La taille de l’allèle le plus court est inversement proportionnelle à l’âge d’apparition de la maladie et du temps entre l’apparition des signes cliniques et le confinement en fauteuil roulant. Elle est corrélée de manière positive à la prévalence de la cardiomyopathie.

Depuis de nombreuses années de gros efforts ont été faits pour élaborer un traitement visant à améliorer les symptômes cliniques de l’AF. Toutefois, la mise au point d’un traitement efficace demeure un défi car la physiopathologie de l’AF demeure non totalement résolue. La découverte de biomarqueurs dans les maladies génétiques rares permet d’accélérer la recherche médicale en mettent en lumière les mécanismes physiopathologiques des maladies. Mis à part la mesure de l’expression de la frataxine, il n’existe pas à l’heure actuelle de biomarqueurs protéiques robustes connus pour être liés à la gravité ou à la progression de l’AF. De plus, les connaissances actuelles sur l’AF offrent diverses approches thérapeutiques à l’étude, mais il n’existe aucun biomarqueur fiable pour évaluer l’efficacité des traitements.

Notre projet vise à accélérer la découverte de cibles thérapeutiques par une approche de protéomique quantitative à haut débit, le but étant de pouvoir mettre en évidence des biomarqueurs d’intérêt à partir d’échantillons de plasmas de patients AF.

Les données brutes issues de la protéomique quantitative sont analysées en utilisant des outils statistiques et bioinformatiques selon un pipeline que nous avons mis au point. Ce pipeline d’analyse utilise des scripts en langage R inclus dans un fichier R Markdown, permettant de générer des rapports d’analyse détaillés, commentés, et reproductibles, ainsi que l’utilisation de plateformes logicielles en open source. Toutes ces analyses bioinformatiques suivent les principes généraux de science reproductible avec FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reproducible). La validation de ces biomarqueurs potentiels pourra être facilement effectuée par Western blot ou tests ELISA en routine.

Ces travaux, effectués en étroite collaboration avec la plateforme de protéomique de l’Institut Jacques Monod et l’Institut du Cerveau (Paris), conduiront, nous l’espérons, à l’identification de marqueurs protéiques spécifiques du suivi des patients AF et à la mise en place de stratégies thérapeutiques ciblées et efficaces.

 

Projet de recherche #2 (Françoise Auchère)

Régulation de l’état “redox” cellulaire et réponse adaptative du pathogène opportuniste Candida albicans.

Candida albicans est un champignon normalement présent au niveau des cavités orales, de la peau et des muqueuses vaginales et digestives. C’est une levure dimorphique que l’on peut trouver sous forme de levure ou filamentée et la capacité d’adaptation de ce pathogène opportuniste aux différentes conditions environnementales joue un rôle important dans le phénomène de virulence.

Nous nous intéressons à la réponse métabolique adaptative de C. albicans en présence de différentes sources de carbone à la fois sur les formes levure et les formes filamentées. Par des approches combinées de biochimie et de microbiologie, ainsi que par des approches de protéomique globale, nous étudions les différentes adaptations métaboliques associées au processus de filamentation, et les modifications de la fonction mitochondriale qui pourraient permettre une adaptation au cours de l’invasion des tissus hôtes.

 

 

Projet de recherche #3 (Emmanuel Lesuisse, décédé en Août 2021 ; projet continué en collaboration avec Robert Sutack, Biocev Prague)

La biodisponibilité des métaux, et du fer en particulier est très impactée par la modification des écosystèmes marins due aux activités humaines (augmentation du taux de CO2 et acidification des océans). De manière surprenante, les métallomes/métalloprotéomes du phytoplancton sont peu caractérisés, et les prédictions relatives à l’évolution de la biodisponibilité du fer sont contradictoires. Notre but est de remédier à ce manque de données et de modéliser les effets de l’acidification des océans sur le cycle biogéochimique du fer. Une importante réserve de fer est associée à la surface de différentes espèces de phytoplancton. Nous étudions ce pool de fer en fonction de la pCO2 par des techniques biochimiques et biophysiques (études de sorption et techniques basées sur le synchrotron). Nous caractérisons les métallomes d’espèces cultivées sous différentes pCO2 en présence de différents métaux et nous étudions les effets des métaux et de la pCO2 sur la compétition interspécifique. La réponse au pH est aussi étudiée chez l’algue modèle Ostreococcus tauri.

 

Projet de recherche #4 (Jean-Michel Camadro)

Nouvelle méthode de marquage métabolique pour la quantification des variations d’abondance des protéines (intactes), à l’échelle des protéomes.

Nos approches expérimentales font largement appel aux analyses protéomiques quantitatives de type « label free ». En collaboration avec les ingénieurs de la plateforme protéomique de l’IJM, nous avons développé une nouvelle méthode d’analyse, le « SLIM-labeling » qui utilise la capacité qu’ont la plupart des systèmes vivants à synthétiser les acides aminés non-essentiels constitutifs des protéines à partir d’une source de carbone unique, telle que le glucose.

Le SLIM-Labeling vise à augmenter le taux de l’isotope léger (12C) du cardone dans les protéines, ce qui améliore de façon très significative la précision de la mesure de la masse des protéines, et permet le développement d’approches quantitatives originales.

Nous appliquons cette méthode à l’étude de l’abondance des protéines ribosomales chez la levure S. cerevisiae, à l’étude de la transition levure/hyphe chez C. albicans, et son contrôle épigénétique, au développement du nématode C. elegans (collaboration Equipe Dumont, IJM) et au marquage de cellules humaines en culture (collaboration Equipe Ladoux/ Mège, IJM)

 

Projet de recherche transversal (Pierre Poulain)

Développement des méthodes et des outils pour l’exploration, l’analyse et la visualisation de données biologiques, notamment en protéomique.

 

Parmi ces méthodes et outils développés dans le groupe, on peut citer :

–  La bibliothèque Python AutoClassWrapper et le service web AutoClassWeb pour la classification non-supervisée Bayesienne de résultats expérimentaux omiques.

– La méthode bSLIM pour l’analyse quantitative en spectrométrie de masse par marquage métabolique avec un isotope léger.

– Enfin, le projet collaboratif Minomics a pour objectif l’analyse multi-omique de réseaux biologiques par une approche holistique.

 

Pierre est également ambassadeur Software Heritage afin promouvoir l’archivage des logiciels scientifiques open sources.

Responsable :

Jean-Michel CAMADRO
Téléphone : +33 (0)157278029 

jean-michel.camadro(at)ijm.fr

 

Membres de l’équipe :

  • Françoise AUCHERE (Enseignant chercheur)
    Téléphone : +33 (0)157278028
  • Thibaut POINSIGNON (Doctorant)
  • Pierre POULAIN (Enseignant chercheur)
    Téléphone : +33 (0)157278028
  • Nicolas SENECAUT (Doctorant)
    Téléphone : +33 (0)157278028
  • Valérie SERRE (Enseignant chercheur)
    Téléphone : +33 (0)157278028
  • Robert SUTAK (Biocev, Prague, visiting scientist)
  • Léa LEUTHY (stagiaire de recherche)
  • Katerina ZENISKOVA (Doctorante, Charles University, Prague, Rep. Tchèque)

1: Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata.

Denecker T, Zhou Li Y, Fairhead C, Budin K, Camadro JM, Bolotin-Fukuhara M, Angoulvant A, Lelandais G.

NAR Genom Bioinform. 2020 Apr 20;2(2):lqaa027. doi: 10.1093/nargab/lqaa027.

PMID: 33575583; PMCID: PMC7671338.

 

2: Novel Insights into Quantitative Proteomics from an Innovative Bottom-Up Simple Light Isotope Metabolic (bSLIM) Labeling Data Processing Strategy.

Sénécaut N, Alves G, Weisser H, Lignières L, Terrier S, Yang-Crosson L, Poulain P, Lelandais G, Yu YK, Camadro JM.

J Proteome Res. 2021 Mar 5;20(3):1476-1487.

doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00478. Epub 2021 Feb 11.

PMID: 33573382; PMCID: PMC8459934.

 

3: Iron Uptake Mechanisms in Marine Phytoplankton.

Sutak R, Camadro JM, Lesuisse E.

Front Microbiol. 2020 Nov 5;11:566691. doi:

10.3389/fmicb.2020.566691.

PMID: 33250865; PMCID: PMC7676907.

 

4: The adaptive response to iron involves changes in energetic strategies in the pathogen Candida albicans.

Duval C, Macabiou C, Garcia C, Lesuisse E, Camadro JM, Auchère F.

Microbiologyopen. 2020 Feb;9(2):e970. doi:

10.1002/mbo3.970. Epub 2019 Dec 1.

PMID: 31788966; PMCID: PMC7002100.

 

5: Redox modifications of cysteine-containing proteins, cell cycle arrest and translation inhibition: Involvement in vitamin C-induced breast cancer cell death.

El Banna N, Hatem E, Heneman-Masurel A, Léger T, Baïlle D, Vernis L, Garcia C, Martineau S, Dupuy C, Vagner S, Camadro JM, Huang ME.

Redox Biol. 2019 Sep;26:101290. doi: 10.1016/j.redox.2019.101290. Epub 2019 Aug 2.

PMID: 31412312; PMCID: PMC6831881.

 

6: NDUFS6 related Leigh syndrome: a case report and review of the literature.

Rouzier C, Chaussenot A, Fragaki K, Serre V, Ait-El-Mkadem S, Richelme C, Paquis-Flucklinger V, Bannwarth S.

J Hum Genet. 2019 Jul;64(7):637-645. doi: 10.1038/s10038-019-0594-4. Epub 2019 Apr 4.

PMID: 30948790.

 

7: N-homocysteinylation of tau and MAP1 is increased in autopsy specimens of Alzheimer’s disease and vascular dementia.

Bossenmeyer-Pourié C, Smith AD, Lehmann S, Deramecourt V, Sablonnière B, Camadro JM, Pourié G, Kerek R, Helle D, Umoret R, Guéant-Rodriguez RM, Rigau V, Gabelle A, Sequeira JM, Quadros EV, Daval JL, Guéant JL.

J Pathol. 2019 Jul;248(3):291-303. doi: 10.1002/path.5254. Epub 2019 Mar 19.

PMID: 30734924.

 

8: Quantitative proteomics in Friedreich’s ataxia B-lymphocytes: A valuable approach to decipher the biochemical events responsible for pathogenesis.

Télot L, Rousseau E, Lesuisse E, Garcia C, Morlet B, Léger T, Camadro JM, Serre V.

Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2018 Apr;1864(4 Pt

A):997-1009. doi: 10.1016/j.bbadis.2018.01.010. Epub 2018 Jan 9.

PMID: 29329987.

2022

Additional insights into the organization of transcriptional regulatory modules based on a 3D model of the Saccharomyces cerevisiae genome.

Poinsignon T, Gallopin M, Camadro JM, Poulain P, Lelandais G.

BMC Res Notes. 2022 Feb 19;15(1):67. doi: 10.1186/s13104-022-05940-5.

PMID: 35183229

 

2021

Insight in the quorum sensing-driven lifestyle of the non-pathogenic Agrobacterium tumefaciens 6N2 and the interactions with the yeast Meyerozyma guilliermondii.

Bertini EV, Torres MA, Léger T, Garcia C, Hong KW, Chong TM, Castellanos de Figueroa LI, Chan KG, Dessaux Y, Camadro JM, Nieto-Peñalver CG.

Genomics. 2021 Nov;113(6):4352-4360. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.11.017. Epub 2021 Nov 15.

PMID: 34793950

 

Fetal Programming by Methyl Donor Deficiency Produces Pathological Remodeling of the Ascending Aorta.

Balint B, Hergalant S, Camadro JM, Blaise S, Vanalderwiert L, Lignières L, Guéant-Rodriguez RM, Guéant JL.

Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2021 Jun;41(6):1928-1941. doi: 10.1161/ATVBAHA.120.315587. Epub 2021 Apr 8. PMID: 33827257

 

Novel Insights into Quantitative Proteomics from an Innovative Bottom-Up Simple Light Isotope Metabolic (bSLIM) Labeling Data Processing Strategy.

Sénécaut N, Alves G, Weisser H, Lignières L, Terrier S, Yang-Crosson LPoulain P, Lelandais G, Yu YK, Camadro JM.

J Proteome Res. 2021 Mar 5;20(3):1476-1487. doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00478. Epub 2021 Feb 11. PMID: 33573382

 

Complex Response of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans to Iron Availability.

Kotabova E, Malych R, Pierella Karlusich JJ, Kazamia E, Eichner M, Mach J, Lesuisse E, Bowler C, Prášil O, Sutak R.

mSystems. 2021 Feb 9;6(1):e00738-20. doi: 10.1128/mSystems.00738-20. PMID: 33563784

 

2020

 

Iron Uptake Mechanisms in Marine Phytoplankton.

Sutak R, Camadro JMLesuisse E.

Front Microbiol. 2020 Nov 5;11:566691. doi: 10.3389/fmicb.2020.566691. eCollection 2020. PMID: 33250865

 

Bi-allelic Variations of SMO in Humans Cause a Broad Spectrum of Developmental Anomalies Due to Abnormal Hedgehog Signaling.

Le TL, Sribudiani Y, Dong X, Huber C, Kois C, Baujat G, Gordon CT, Mayne V, Galmiche L, Serre V, Goudin N, Zarhrate M, Bole-Feysot C, Masson C, Nitschké P, Verheijen FW, Pais L, Pelet A, Sadedin S, Pugh JA, Shur N, White SM, El Chehadeh S, Christodoulou J, Cormier-Daire V, Hofstra RMW, Lyonnet S, Tan TY, Attié-Bitach T, Kerstjens-Frederikse WS, Amiel J, Thomas S.

Am J Hum Genet. 2020 Jun 4;106(6):779-792. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.04.010. Epub 2020 May 14. PMID: 32413283

 

Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata.

Denecker T, Zhou Li Y, Fairhead C, Budin K, Camadro JM, Bolotin-Fukuhara M, Angoulvant A, Lelandais G.

NAR Genom Bioinform. 2020 Apr 20;2(2):lqaa027. doi: 10.1093/nargab/lqaa027. eCollection 2020 Jun. PMID: 33575583

 

Analysis of fibroblasts from patients with cblC and cblG genetic defects of cobalamin metabolism reveals global dysregulation of alternative splicing.

Rashka C, Hergalant S, Dreumont N, Oussalah A, Camadro JM, Marchand V, Hassan Z, Baumgartner MR, Rosenblatt DS, Feillet F, Guéant JL, Flayac J, Coelho D.

Hum Mol Genet. 2020 Jul 29;29(12):1969-1985. doi: 10.1093/hmg/ddaa027. PMID: 32068834

 

The adaptive response to iron involves changes in energetic strategies in the pathogen Candida albicans.

Duval CMacabiou C, Garcia C, Lesuisse ECamadro JMAuchère F.

Microbiologyopen. 2020 Feb;9(2):e970. doi: 10.1002/mbo3.970. Epub 2019 Dec 1. PMID: 31788966

 

2019

 

A novel variant m.8561C>T in the overlapping region of MT-ATP6 and MT-ATP8 in a child with early-onset severe neurological signs.

Fragaki K, Chaussenot A, Serre V, Acquaviva C, Bannwarth S, Rouzier C, Chabrol B, Paquis-Flucklinger V.

Mol Genet Metab Rep. 2019 Nov 21;21:100543. doi: 10.1016/j.ymgmr.2019.100543. eCollection 2019 Dec. PMID: 31788426

 

Copper and iron metabolism in Ostreococcus tauri – the role of phytotransferrin, plastocyanin and a chloroplast copper-transporting ATPase.

Scheiber IF, Pilátová J, Malych R, Kotabova E, Krijt M, Vyoral D, Mach J, Léger T, Camadro JM, Prášil O, Lesuisse E, Sutak R.

Metallomics. 2019 Oct 16;11(10):1657-1666. doi: 10.1039/c9mt00078j. PMID: 31380866

 

LGP2 binds to PACT to regulate RIG-I- and MDA5-mediated antiviral responses.

Sanchez David RY, Combredet C, Najburg V, Millot GA, Beauclair G, Schwikowski B, Léger T, Camadro JM, Jacob Y, Bellalou J, Jouvenet N, Tangy F, Komarova AV.

Sci Signal. 2019 Oct 1;12(601):eaar3993. doi: 10.1126/scisignal.aar3993. PMID: 31575732

 

Redox modifications of cysteine-containing proteins, cell cycle arrest and translation inhibition: Involvement in vitamin C-induced breast cancer cell death.

El Banna N, Hatem E, Heneman-Masurel A, Léger T, Baïlle D, Vernis L, Garcia C, Martineau S, Dupuy C, Vagner S, Camadro JM, Huang ME.

Redox Biol. 2019 Sep;26:101290. doi: 10.1016/j.redox.2019.101290. Epub 2019 Aug 2. PMID: 31412312

 

Label-free quantitative proteomics in Candida yeast species: technical and biological replicates to assess data reproducibility.

Lelandais G, Denecker T, Garcia C, Danila N, Léger T, Camadro JM.

BMC Res Notes. 2019 Aug 1;12(1):470. doi: 10.1186/s13104-019-4505-8. PMID: 31370875

 

NDUFS6 related Leigh syndrome: a case report and review of the literature.

Rouzier C, Chaussenot A, Fragaki K, Serre V, Ait-El-Mkadem S, Richelme C, Paquis-Flucklinger V, Bannwarth S.

J Hum Genet. 2019 Jul;64(7):637-645. doi: 10.1038/s10038-019-0594-4. Epub 2019 Apr 4. PMID: 30948790

 

AutoClassWrapper: a Python wrapper for AutoClass C classification

Camadro JM & Poulain P

The Journal of Open Source Software 2019, accepted July 25; DOI: 10.21105/joss.01390

 

In Vitro interaction between yeast frataxin and superoxide dismutases: Influence of mitochondrial metals.

Han THL, Camadro JM, Barbault F, Santos R, El Hage Chahine JM, Ha-Duong NT.

Biochim Biophys Acta Gen Subj. 2019 May;1863(5):883-892. doi: 10.1016/j.bbagen.2019.02.011. Epub 2019 Feb 21. PMID: 30797804

 

Adsorption of Proteins on m-CPPD and Urate Crystals Inhibits Crystal-induced Cell Responses: Study on Albumin-crystal Interaction.

Renaudin F, Sarda S, Campillo-Gimenez L, Séverac C, Léger T, Charvillat C, Rey C, Lioté F, Camadro JM, Ea HK, Combes C.

J Funct Biomater. 2019 Apr 25;10(2):18. doi: 10.3390/jfb10020018. PMID: 31027151

 

Pixel: a content management platform for quantitative omics data.

Denecker T, Durand W, Maupetit J, Hébert C, Camadro JMPoulain P, Lelandais G.

PeerJ. 2019 Mar 27;7:e6623. doi: 10.7717/peerj.6623. eCollection 2019. PMID: 30944779

 

N-homocysteinylation of tau and MAP1 is increased in autopsy specimens of Alzheimer’s disease and vascular dementia.

Bossenmeyer-Pourié C, Smith AD, Lehmann S, Deramecourt V, Sablonnière B, Camadro JM, Pourié G, Kerek R, Helle D, Umoret R, Guéant-Rodriguez RM, Rigau V, Gabelle A, Sequeira JM, Quadros EV, Daval JL, Guéant JL.

J Pathol. 2019 Jul;248(3):291-303. doi: 10.1002/path.5254. Epub 2019 Mar 19. PMID: 30734924

 

Proteomic Landscape of Cholangiocarcinomas Reveals Three Different Subgroups According to Their Localization and the Aspect of Non-Tumor Liver.

Le Faouder J, Gigante E, Léger T, Albuquerque M, Beaufrère A, Soubrane O, Dokmak S, Camadro JM, Cros J, Paradis V.

Proteomics Clin Appl. 2019 Jan;13(1):e1800128. doi: 10.1002/prca.201800128. Epub 2018 Dec 19. PMID: 30520266

 

2018

 

AAV-8 and AAV-9 Vectors Cooperate with Serum Proteins Differently Than AAV-1 and AAV-6.

Denard J, Rouillon J, Leger T, Garcia C, Lambert MP, Griffith G, Jenny C, Camadro JM, Garcia L, Svinartchouk F.

Mol Ther Methods Clin Dev. 2018 Aug 8;10:291-302. doi: 10.1016/j.omtm.2018.08.001. eCollection 2018 Sep 21. PMID: 30155509

 

Endocytosis-mediated siderophore uptake as a strategy for Fe acquisition in diatoms.

Kazamia E, Sutak R, Paz-Yepes J, Dorrell RG, Vieira FRJ, Mach J, Morrissey J, Leon S, Lam F, Pelletier E, Camadro JM, Bowler C, Lesuisse E.

Sci Adv. 2018 May 16;4(5):eaar4536. doi: 10.1126/sciadv.aar4536. eCollection 2018 May. PMID: 29774236

 

Quantitative proteomics in Friedreich’s ataxia B-lymphocytes: A valuable approach to decipher the biochemical events responsible for pathogenesis.

Télot L, Rousseau E, Lesuisse E, Garcia C, Morlet B, Léger T, Camadro JMSerre V.

Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2018 Apr;1864(4 Pt A):997-1009. doi: 10.1016/j.bbadis.2018.01.010. Epub 2018 Jan 9. PMID: 29329987

 

Meet-U: Educating through research immersion.

Abdollahi N, Albani A, Anthony E, Baud A, Cardon M, Clerc R, Czernecki D, Conte R, David L, Delaune A, Djerroud S, Fourgoux P, Guiglielmoni N, Laurentie J, Lehmann N, Lochard C, Montagne R, Myrodia V, Opuu V, Parey E, Polit L, Privé S, Quignot C, Ruiz-Cuevas M, Sissoko M, Sompairac N, Vallerix A, Verrecchia V, Delarue M, Guérois R, Ponty Y, Sacquin-Mora S, Carbone A, Froidevaux C, Le Crom S, Lespinet O, Weigt M, Abboud S, Bernardes J, Bouvier G, Dequeker C, Ferré A, Fuchs P, Lelandais G, Poulain P, Richard H, Schweke H, Laine E, Lopes A.

PLoS Comput Biol. 2018 Mar 15;14(3):e1005992. doi: 10.1371/journal.pcbi.1005992. eCollection 2018 Mar. PMID: 29543809

 

Novel de novo ZBTB20 mutations in three cases with Primrose syndrome and constant corpus callosum anomalies.

Alby C, Boutaud L, Bessières B, Serre V, Rio M, Cormier-Daire V, de Oliveira J, Ichkou A, Mouthon L, Gordon CT, Bonnière M, Mechler C, Nitschke P, Bole C, Lyonnet S, Bahi-Buisson N, Boddaert N, Colleaux L, Roth P, Ville Y, Vekemans M, Encha-Razavi F, Attié-Bitach T, Thomas S.

Am J Med Genet A. 2018 May;176(5):1091-1098. doi: 10.1002/ajmg.a.38684. PMID: 29681083

 

Impaired Transferrin Receptor Palmitoylation and Recycling in Neurodegeneration with Brain Iron Accumulation.

Drecourt A, Babdor J, Dussiot M, Petit F, Goudin N, Garfa-Traoré M, Habarou F, Bole-Feysot C, Nitschké P, Ottolenghi C, Metodiev MD, Serre V, Desguerre I, Boddaert N, Hermine O, Munnich A, Rötig A.

Am J Hum Genet. 2018 Feb 1;102(2):266-277. doi: 10.1016/j.ajhg.2018.01.003. PMID: 29395073

 

2017

 

A Simple Light Isotope Metabolic Labeling (SLIM-labeling) Strategy: A Powerful Tool to Address the Dynamics of Proteome Variations In Vivo.

Léger T, Garcia C, Collomb L, Camadro JM.

Mol Cell Proteomics. 2017 Nov;16(11):2017-2031. doi: 10.1074/mcp.M117.066936. Epub 2017 Aug 18. PMID: 28821603

 

Mechanisms of iron and copper-frataxin interactions.

Han THL, Camadro JM, Santos R, Lesuisse E, El Hage Chahine JM, Ha-Duong NT.

Metallomics. 2017 Aug 16;9(8):1073-1085. doi: 10.1039/c7mt00031f. PMID: 28573291

 

Dysfunction of mitochondrial Lon protease and identification of oxidized protein in mouse brain following exposure to MPTP: Implications for Parkinson disease.

Bulteau AL, Mena NP, Auchère F, Lee I, Prigent A, Lobsiger CS, Camadro JM, Hirsch EC.

Free Radic Biol Med. 2017 Jul;108:236-246. doi: 10.1016/j.freeradbiomed.2017.03.036. Epub 2017 Mar 30. PMID: 28365360

 

Acclimation of a low iron adapted Ostreococcus strain to iron limitation through cell biomass lowering.

Botebol H, Lelandais G, Six C, Lesuisse E, Meng A, Bittner L, Lecrom S, Sutak R, Lozano JC, Schatt P, Vergé V, Blain S, Bouget FY.

Sci Rep. 2017 Mar 23;7(1):327. doi: 10.1038/s41598-017-00216-6. PMID: 28336917

 

Modulation of the specific glutathionylation of mitochondrial proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae under basal and stress conditions.

Gergondey R, Garcia C, Marchand CH, Lemaire SD, Camadro JMAuchère F.

Biochem J. 2017 Mar 15;474(7):1175-1193. doi: 10.1042/BCJ20160927. PMID: 28167699

 

A novel CISD2 mutation associated with a classical Wolfram syndrome phenotype alters Ca2+ homeostasis and ER-mitochondria interactions.

Rouzier C, Moore D, Delorme C, Lacas-Gervais S, Ait-El-Mkadem S, Fragaki K, Burté F, Serre V, Bannwarth S, Chaussenot A, Catala M, Yu-Wai-Man P, Paquis-Flucklinger V.

Hum Mol Genet. 2017 May 1;26(9):1786. doi: 10.1093/hmg/ddx130. PMID: 28475771

 

A novel CISD2 mutation associated with a classical Wolfram syndrome phenotype alters Ca2+ homeostasis and ER-mitochondria interactions.

Rouzier C, Moore D, Delorme C, Lacas-Gervais S, Ait-El-Mkadem S, Fragaki K, Burté F, Serre V, Bannwarth S, Chaussenot A, Catala M, Yu-Wai-Man P, Paquis-Flucklinger V.

Hum Mol Genet. 2017 May 1;26(9):1599-1611. doi: 10.1093/hmg/ddx060. PMID: 28335035

 

Compound heterozygosity for severe and hypomorphic NDUFS2 mutations cause non-syndromic LHON-like optic neuropathy.

Gerber S, Ding MG, Gérard X, Zwicker K, Zanlonghi X, Rio M, Serre V, Hanein S, Munnich A, Rotig A, Bianchi L, Amati-Bonneau P, Elpeleg O, Kaplan J, Brandt U, Rozet JM.

J Med Genet. 2017 May;54(5):346-356. doi: 10.1136/jmedgenet-2016-104212. Epub 2016 Dec 28. PMID: 28031252

 

Mutations in MDH2, Encoding a Krebs Cycle Enzyme, Cause Early-Onset Severe Encephalopathy.

Ait-El-Mkadem S, Dayem-Quere M, Gusic M, Chaussenot A, Bannwarth S, François B, Genin EC, Fragaki K, Volker-Touw CLM, Vasnier C, Serre V, van Gassen KLI, Lespinasse F, Richter S, Eisenhofer G, Rouzier C, Mochel F, De Saint-Martin A, Abi Warde MT, de Sain-van der Velde MGM, Jans JJM, Amiel J, Avsec Z, Mertes C, Haack TB, Strom T, Meitinger T, Bonnen PE, Taylor RW, Gagneur J, van Hasselt PM, Rötig A, Delahodde A, Prokisch H, Fuchs SA, Paquis-Flucklinger V.

Am J Hum Genet. 2017 Jan 5;100(1):151-159. doi: 10.1016/j.ajhg.2016.11.014. Epub 2016 Dec 15. PMID: 27989324

 

2016

 

Ostreococcus tauri is a new model green alga for studying iron metabolism in eukaryotic phytoplankton.

Lelandais G, Scheiber I, Paz-Yepes J, Lozano JC, Botebol H, Pilátová J, Žárský V, Léger T, Blaiseau PL, Bowler C, Bouget FY, Camadro JM, Sutak R, Lesuisse E.

BMC Genomics. 2016 May 3;17:319. doi: 10.1186/s12864-016-2666-6. PMID: 27142620

 

The adaptive metabolic response involves specific protein glutathionylation during the filamentation process in the pathogen Candida albicans.

Gergondey R, Garcia C, Serre VCamadro JMAuchère F.

Biochim Biophys Acta. 2016 Jul;1862(7):1309-23. doi: 10.1016/j.bbadis.2016.04.004. Epub 2016 Apr 13. PMID: 27083931

 

Reply: High prevalence of CHCHD10 mutations in patients with frontotemporal dementia from China.

Bannwarth S, Ait-El-Mkadem S, Chaussenot A, Genin EC, Lacas-Gervais S, Fragaki K, Berg-Alonso L, Kageyama Y, Serre V, Moore D, Verschueren A, Rouzier C, Le Ber I, Augé G, Cochaud C, Lespinasse F, N’Guyen K, de Septenville A, Brice A, Yu-Wai-Man P, Sesaki H, Pouget J, Paquis-Flucklinger V.

Brain. 2016 Apr;139(Pt 4):e22. doi: 10.1093/brain/awv368. Epub 2015 Dec 30. PMID: 26719380

 

Insights into Brain Glycogen Metabolism: THE STRUCTURE OF HUMAN BRAIN GLYCOGEN PHOSPHORYLASE.

Mathieu C, Li de la Sierra-Gallay I, Duval R, Xu X, Cocaign A, Léger T, Woffendin G, Camadro JM, Etchebest C, Haouz A, Dupret JM, Rodrigues-Lima F.

J Biol Chem. 2016 Aug 26;291(35):18072-83. doi: 10.1074/jbc.M116.738898. Epub 2016 Jul 8. PMID: 27402852

 

A Network of Paralogous Stress Response Transcription Factors in the Human Pathogen Candida glabrata.

Merhej J, Thiebaut A, Blugeon C, Pouch J, Ali Chaouche Mel A, Camadro JM, Le Crom S, Lelandais G, Devaux F.

Front Microbiol. 2016 May 9;7:645. doi: 10.3389/fmicb.2016.00645. eCollection 2016. PMID: 27242683

 

The Metacaspase (Mca1p) Restricts O-glycosylation During Farnesol-induced Apoptosis in Candida albicans.

Léger T, Garcia C, Camadro JM.

Mol Cell Proteomics. 2016 Jul;15(7):2308-23. doi: 10.1074/mcp.M116.059378. Epub 2016 Apr 28. PMID: 27125826

 

Label-Free Quantitative Proteomics in Yeast.

Léger T, Garcia C, Videlier M, Camadro JM.

Methods Mol Biol. 2016;1361:289-307. doi: 10.1007/978-1-4939-3079-1_16. PMID: 26483028

 

2015

 

Reply: Is CHCHD10 Pro34Ser pathogenic for frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis?

Bannwarth S, Ait-El-Mkadem S, Chaussenot A, Genin EC, Lacas-Gervais S, Fragaki K, Berg-Alonso L, Kageyama Y, Serre V, Moore D, Verschueren A, Rouzier C, Le Ber I, Augé G, Cochaud C, Lespinasse F, N’Guyen K, de Septenville A, Brice A, Yu-Wai-Man P, Sesaki H, Pouget J, Paquis-Flucklinger V.

Brain. 2015 Oct;138(Pt 10):e386. doi: 10.1093/brain/awv116. Epub 2015 May 7. PMID: 25953779

 

Reply: A distinct clinical phenotype in a German kindred with motor neuron disease carrying a CHCHD10 mutation.

Bannwarth S, Ait-El-Mkadem S, Chaussenot A, Genin EC, Lacas-Gervais S, Fragaki K, Berg-Alonso L, Kageyama Y, Serre V, Moore D, Verschueren A, Rouzier C, Le Ber I, Augé G, Cochaud C, Lespinasse F, N’Guyen K, de Septenville A, Brice A, Yu-Wai-Man P, Sesaki H, Pouget J, Paquis-Flucklinger V.

Brain. 2015 Sep;138(Pt 9):e377. doi: 10.1093/brain/awv015. Epub 2015 Feb 12. PMID: 25681413

 

Reply: CHCHD10 mutations in Italian patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis.

Bannwarth S, Ait-El-Mkadem S, Chaussenot A, Genin EC, Lacas-Gervais S, Fragaki K, Berg-Alonso L, Kageyama Y, Serre V, Moore D, Verschueren A, Rouzier C, Le Ber I, Augé G, Cochaud C, Lespinasse F, N’Guyen K, de Septenville A, Brice A, Yu-Wai-Man P, Sesaki H, Pouget J, Paquis-Flucklinger V.

Brain. 2015 Aug;138(Pt 8):e373. doi: 10.1093/brain/awu385. Epub 2015 Jan 8. PMID: 25576309

 

Central role for ferritin in the day/night regulation of iron homeostasis in marine phytoplankton.

Botebol H, Lesuisse E, Šuták R, Six C, Lozano JC, Schatt P, Vergé V, Kirilovsky A, Morrissey J, Léger T, Camadro JM, Gueneugues A, Bowler C, Blain S, Bouget FY.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Nov 24;112(47):14652-7. doi: 10.1073/pnas.1506074112. Epub 2015 Nov 9. PMID: 26553998

 

A Yeast/Drosophila Screen to Identify New Compounds Overcoming Frataxin Deficiency.

Seguin A, Monnier V, Palandri A, Bihel F, Rera M, Schmitt M, Camadro JM, Tricoire H, Lesuisse E.

Oxid Med Cell Longev. 2015;2015:565140. doi: 10.1155/2015/565140. Epub 2015 Oct 11. PMID: 26523199

 

A novel protein, ubiquitous in marine phytoplankton, concentrates iron at the cell surface and facilitates uptake.

Morrissey J, Sutak R, Paz-Yepes J, Tanaka A, Moustafa A, Veluchamy A, Thomas Y, Botebol H, Bouget FY, McQuaid JB, Tirichine L, Allen AE, Lesuisse E, Bowler C.

Curr Biol. 2015 Feb 2;25(3):364-371. doi: 10.1016/j.cub.2014.12.004. Epub 2014 Dec 31. PMID: 25557662

 

The metacaspase (Mca1p) has a dual role in farnesol-induced apoptosis in Candida albicans.

Léger T, Garcia C, Ounissi M, Lelandais G, Camadro JM.

Mol Cell Proteomics. 2015 Jan;14(1):93-108. doi: 10.1074/mcp.M114.041210. Epub 2014 Oct 27. PMID: 25348831

 

Serum proteomic profiling reveals fragments of MYOM3 as potential biomarkers for monitoring the outcome of therapeutic interventions in muscular dystrophies.

Rouillon J, Poupiot J, Zocevic A, Amor F, Léger T, Garcia C, Camadro JM, Wong B, Pinilla R, Cosette J, Coenen-Stass AM, Mcclorey G, Roberts TC, Wood MJ, Servais L, Udd B, Voit T, Richard I, Svinartchouk F.

Hum Mol Genet. 2015 Sep 1;24(17):4916-32. doi: 10.1093/hmg/ddv214. Epub 2015 Jun 9. PMID: 26060189

 

Identification of a novel ARL13B variant in a Joubert syndrome-affected patient with retinal impairment and obesity.

Thomas S, Cantagrel V, Mariani L, Serre V, Lee JE, Elkhartoufi N, de Lonlay P, Desguerre I, Munnich A, Boddaert N, Lyonnet S, Vekemans M, Lisgo SN, Caspary T, Gleeson J, Attié-Bitach T.

Eur J Hum Genet. 2015 May;23(5):621-7. doi: 10.1038/ejhg.2014.156. Epub 2014 Aug 20. PMID: 25138100

Nicolas Sénécaut, Université Paris Cité

Directeur de thèse : Jean-Michel Camadro (IJM) ; co-DT : Gaëlle Lelandais

 

Thibaut Poinsignon, Université Paris Saclay

Directrice de thèse : Gaëlle Lelandais, co-DT : Pierre Poulain (IJM)

 

Katerina Zeniskova, Biocev, Prague, République Tchèque

Directeur de thèse : Robert Sutak ; co-DT : Jean-Michel Camadro (IJM)

Pr Gaëlle Lelandais, I2BC, Université Paris Saclay

 

Dr Yi-Kuo Yu, NCBI, NIH, Bethesda, USA

 

Pr Denis Mestivier, UPEC

 

Dr Stéphane Lemaire, IBPS, Sorbonne Université

 

Pr Jean-Louis Guéant, INSERM, Université de Lorraine

 

Dr Robert Sutac, Biocev, Prague, Rep. Tchèque

 

Pr Pavel Martasek, 1st Faculty of Medicine, Charles University, Prague, Rep. Tchèque

Data mining, Visualization and Computational Modeling of Redox Signaling Networks – MinOmics

2020-03 to 2024-03 | Grant

National Agency for Research (Paris, FR)

URL: https://app.dimensions.ai/details/grant/grant.9466085

GRANT_NUMBER: ANR-19-CE45-0017

 

Microbial Communities in Biomedical and Environmental Areas, and Systems Biology

2018-09 to 2022-11 | Grant

European Commission (Brussels, BE)

URL: https://app.dimensions.ai/details/grant/grant.7819194

GRANT_NUMBER: 810224

 

High performance MS-based proteomics by reducing stable isotopes complexity in vivo – SLIM-labeling

2018-09 to 2022-03 | Grant

National Agency for Research (Paris, FR)

URL: https://app.dimensions.ai/details/grant/grant.8639705

GRANT_NUMBER: ANR-18-CE44-0014

 

Le protéome urinaire dans l’ataxie de Friedreich : apport de la protéomique quantitative pour la découverte de biomarqueurs 2019-2019-2022 | Grant

Association Française Ataxie de Friedreich (AFAF, Paris FR)

URL : www.afaf.asso.fr