Prestations techniques

La plateforme assure la mise en œuvre de spectromètres de masse haute résolution de type électrospray couplés à des systèmes chromatographiques à haute performance. L’instrumentation et les outils bio-informatiques mis en place sont spécialement sélectionnés pour délivrer des résultats dans l’état de l’art de l’analyse protéomique.

La plateforme propose différents protocoles d’analyses sur des protéines intactes (top-down) ou après digestion (bottom-up) qui permettent notamment d’aborder les problématiques suivantes :

  • Identification de protéines sur gel ou en solution
  • Caractérisation de modifications post-traductionnelles (PTMs)
  • Caractérisation de protéines recombinantes (coverage, PTMs, process & product-related impurities)
  • Recherche de partenaires (Pull-Down)
  • Recherche de biomarqueurs
  • Analyse de protéomes spécifiques après enrichissement (ex : phosphoprotéome)
  • Analyse de complexes par MS en conditions natives

Les utilisateurs sont encouragés à prendre contact avec la plateforme dans un premier temps (spectrodemasse(at)ijm.fr) afin de définir leurs besoins et définir le protocole d’analyse le plus adapté. A titre d’exemple, la plateforme réalise couramment des analyses combinées après digestions multiples, des analyses quantitatives différentielles avec ou sans marquage, de l’enrichissement, du fractionnement, de l’analyse de complexes après réticulation (crosslink) ou par MS native.

Les résultats générés sont envoyés par e-mail dans un délai de 2 semaines en général pour des approches classiques et sont archivés. Les données brutes sont transmises à la demande car leur stockage et intégrité sont assurés par la plateforme de façon non-contractuelle. Après réception des résultats, l’utilisateur est donc responsable de l’intégrité de l’ensemble de ses données.

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