L'Institut Jacques-Monod accueille chaque année environ 45 étudiants en thèse répartis dans plusieurs écoles doctorales de différentes universités.

Université Paris Diderot et Université Paris Descartes

L’Institut des Etudes Doctorales de l’université Paris Diderot coordonne les études doctorales des 2300 doctorants de l’établissement, de leur inscription à leur soutenance de thèse. Les écoles doctorales du secteur Sciences et Santé de l’Université Paris Diderot sont regroupées avec celles de l’Université Paris Descartes dans le programme doctoral en sciences du vivant/santé  qui mutualise leurs modules doctoraux :

• Bio Sorbonne Paris Cité (BioSPC)
  co-dirigée par la professeure Caroline LE VAN KIM et par le Professeur Marc DELPECH
  Contact : b3mi(at)univ-paris-diderot.fr
  pour les départements "Biologie Cellulaire et Moléculaire, Physiologie et Physiopathologie"  et "Immunologie"
  Contact : gc2i(at)parisdescartes.fr
  pour les Départements " Développement, Génétique, Neurobiologie, Reproduction et Vieillissement"  et "Infectiologie, Microbiologie"
• Biologie et biotechnologie (B2T)
  co-dirigée par le professeur François SIGAUX et par la professeure Christine CHOMIENNE
  Contact : edoctb2t(at)univ-paris-diderot.fr
• Frontières du Vivant 
  Directeur de l'école doctorale : François TADDEI
  Directeur pour Paris-Diderot : David TARESTE
  Contact : secretariat(at)fdv-paris.org

Université Paris Diderot

• Physique en Île de France (PIF) portée par l'École Nationale de Physique (ENS) et co-accréditée par les universités : UPMC et l'Université Paris XI.
  Directeur de l'école doctorale : Jean-Marc BERROIR
  Directeur pour Paris-diderot : Sylvie HENON.
  Contact : secr(at)edpif.org

Université UPMC

• Cerveau-Cognition-Comportement (ED3C)
  dirigée par le professeur Alain TREMBLEAU.
  Contact : ed3c(a)snv.jussieu.fr
• Pierre Louis de Santé Publique : Epidémiologie et Sciences de l'Information Biomédicale
  dirigée par Dominique COSTAGLIOLA, directrice de recherche CNRS.
  Contact : ed393(at)upmc.fr
• Physiologie, physiopathologie et thérapeutique (ED 394)
  dirigée par Madame Isabelle CREMER.
  Contact : ed.physio(at)upmc.fr

• Complexité du vivant
  dirigée par la professeure Muriel UMBHAUER.
  Contact : elisabeth.clement(at)snv.jussieu.fr
• ed393(at)upmc.frInterfaces pour le vivant (IPV) Génie des procédés et Cancérologie
  dirigée par Christine MENAGER.
  Contact : ifd(at)upmc.f

Université Paris XI

• Gènes, génomes, cellules - PXI
  dirigée par le professeur Pierre CAPY. Contact : ed426.ggc(at)u-psud.fr
• Sciences du végétal
  dirigée par Jacqui SHYKOFF, directrice de recherche CNRS. Contact : ed426.ggc@u-psud.fr