Bio-informatique

Des équipes de l'Institut Jacques-Monod ont développé des outils bio-informatiques pour la simulation, l'analyse de la structure des génomes, de l'expression des gènes ou des données protéomiques.

Autoclass@IJM : une interface Web pour la classification Bayesienne de données hétérogènes en biologie
développée par Fiona Achcar, Denis Mestivier et Jean-Michel Camadro,  équipes Biologie computationnelle et biomathématiques et Mitochrondries, métaux et stress oxydant, de l'Institut Jacques Monod.

Autoclass@IJM offre à la communauté scientifique un serveur de calcul performant dédié à la classification de vastes jeux de données en biologie, accessible par une interface Web.
Autoclass, développé au Ames Research Center de la NASA, est un algorithme de classification Bayésienne non supervisé, qui prend en charge des données qualitatives et quantitatives, ainsi que les données manquantes, sans nécéssiter de méthodes d’imputations.
Afin de faciliter l’analyse des résultats retournés par Autoclass, nous fournissons des fichiers au format CDT, lisibles par JavaTreeView.

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VIRAPOPS : un simulateur de populations virales à évolution rapide
développé par Anne Vanet et Michel Petitjean, équipes Oncologie moléculaire et pathologies ovariennes de l’Institut Jacques Monod et Computational approaches applied to pharmacological profiling, de Molécules thérapeutiques in silico.

Plusieurs problèmes mondiaux de santé publique sont dus à des virus à ARN (VIH, grippe, H5N1, HBC, le SRAS ....). Comprendre leurs mécanismes d'action et décrire leur population devient une nécessité vitale. Leur capacité à muter permet la sélection rapide de résistances médicamenteuses : certaines protéines virales actives pouvant posséder jusqu'à 30% de positions mutées. Ces combinaisons de mutations sont possibles grâce à des mutations primaires compensées par des mutations secondaires, et évitant les groupes de synthétiques létaux (groupe de mutations létales, mutation sans effet seule).
Pourtant, les simulateurs de populations classiques ne sont pas en mesure de modéliser les pressions de sélection sur des groupes de mutations génétiquement liées. En outre, les infections primaires et secondaires sont nombreuses et peuvent se dérouler en cascade chez un patient séronégatif ou positif. Il est important de pouvoir mettre en scène ces différents scénarios. C’est pourquoi nous avons développé un simulateur VIRAPOPS dédié aux virus à ARN, facile à utiliser et répondant aux questions liées à ces populations très spécifiques.

Ce simulateur est téléchargeable à cette adresse :
http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html

Nous l'avons publié dans :
Petitjean, M., Vanet, A. (2014) VIRAPOPS: A forward simulator dedicated to rapidly evolved viral population, Bioinformatics, 30, 578-80
Abstract

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Par ailleurs, le club scientifique BioInfo de l'Institut Jacques Monod réunit des scientifiques de l'Institut et des environs qui souhaitent développer leurs compétences en bioinformatique.
Son objectif est d'apprendre à analyser et à manipuler diverses données, issues principalement de séquençage haut-débit, en utilisant la ligne de commande Linux, la programmation en Python et d'autres outils adaptés.
Ce club BioInfo se réunit tous les vendredis de 10h à 11h.

Contact : Virginie Orgogozo, +33 (0)1 57 27 80 43,  Virginie.orgogozo(at)ijm.fr

Voir + d'informations et le calendrier sur le site web dédié : http://blog.bioinfoclub.org/.

Voir les différents clubs scientifiques de l'Institut Jacques Monod.

Dernière modification 31 Août 2017

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