Génomique - Transcriptomique
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PCR quantitative
Le Light Cycler 1.5 permet de quantifier de manière fiable, sensible et spécifique des séquences d'ADN ou d'ARN, de caractériser les produits de PCR par des courbes de fusion et d'effectuer le génotypage de SNP, en général en environ une heure. Il nécessite l'utilisation de capillaires en verre pouvant contenir jusqu'à 20 µl de milieu réactionnel. 32 capillaires peuvent être analysés simultanément. L'excitation des fluorophores est réalisée à 470 nm et l'appareil peut mesurer simultanément la fluorescence à trois longueurs d'onde (530, 640, et 705 nm). Ceci est particulièrement adapté pour les mesures utilisant le SyBr Green I, les sondes spécifiques (Taqman, Scorpion, Beacon, etc... marquées avec le FAM) et les sondes d'hybridation marquées avec les couples FAM-LightCycler Red 640 ou 705. Le multiplexing n'est pas possible sauf dans le format sonde d'hybridation.
Pour une description plus exhaustive, voir www.roche-applied-science.com/sis/rtpcr/lightcycler/
Ces appareils sont utilisables en libre service après une formation initiale qui sera préférentiellement dispensée par les personnes déjà formées de votre équipe. Pour les premières utilisations par une équipe, cette formation sera assurée par Thierry Grange (thierry.grange(at)univ-paris-diderot.fr) ou par un membre de son équipe.
Les light cyclers étant très utilisés, une réservation est nécessaire (remplissage sur place des agendas dédiés). Sauf en cas d'un nombre de cycles très important, les tranches horaires réservées ne doivent pas excéder 1h30 et doivent être respectées. Il est généralement nécessaire que les échantillons aient été préparés avant le début de la plage horaire réservée.
Lecteur de puces à ADN Genepix
Le Genepix 4000B permet de lire des puces à ADN (format lame de microscope) à 532 et 635 nm avec une résolution de 5 µm. Il est piloté par le logiciel GenePix Pro. Il est en libre service mais son utilisation requière une prise de contact initiale avec Thierry Grange afin de coordonner les différents utilisateurs. Si de nombreuses analyses sont prévues, il faudra envisager d'installer le logiciel GenePix Pro sur un ordinateur de l'équipe d'origine (licence payante). Le même ordinateur servant à piloter le nanodrop, les utilisateurs du GenePix sont priés de laisser transitoirement l'accès aux utilisateurs du nanodrop hors de la phase de scanning.
Pour plus d'information, voir www.moleculardevices.com/pages/instruments/gn_genepix4000.html
Microspectrophotomètre Nanodrop ND1000
Le Nanodrop ND1000 permet de mesurer des spectres d'absorption entre 220 et 750 nm pour des échantillons de 1 µl. Il est en libre service après une formation initiale qui sera préférentiellement dispensée par les personnes déjà formées de votre équipe. Pour les premières utilisations par une équipe, cette formation sera assurée par Thierry Grange (thierry.grange(at)univ-paris-diderot.fr) ou par un membre de son équipe.
Pour plus d'information, voir www.nanodrop.com/nd-1000-overview.html
Dernière modification 14/03/2011